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Frequência do alelo menor

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A frequência do alelo menor (MAF)[1] é a frequência na qual o segundo alelo mais comum ocorre em uma determinada população. Eles desempenham um papel surpreendente na hereditariedade, pois as variantes MAF que ocorrem apenas uma vez, conhecidas como "singletons", conduzem a uma enorme quantidade de seleção.[2][3]

Polimorfismos de nucleótidos simples (SNPs) com uma frequência alélica menor de 0,05 (5%) ou superior foram observados pela HapMap projecto.[4] e demonstram entre muitas relação, os limites de significância de GWAS[5](em ingles "Genome-wide association studies") para estudos de fenotipagem profunda podem depender de MAF e tamanho da amostra[1], pois o efeito da MAF ocorre na probabilidade de obtenção de testes do tipo falsos positivos[6] e sua presença afeta fortemente a inferência da estrutura populacional com conjuntos de dados genômicos[7]

O MAF é amplamente utilizado em estudos de genética populacional porque fornece informações para diferenciar entre variantes comuns e raras na população. Por exemplo, um estudo de 2015 sequenciou todos os genomas de 2,120 indivíduos da Sardenha . Os autores classificaram as variantes encontradas no estudo em três classes de acordo com seu MAF. Observou-se que as variantes raras (MAF <0,05) apareceram com mais frequência nas regiões codificantes do que as variantes comuns (MAF> 0,05) nessa população.[8] Outro exemplo é que foi utilizado diferenças étnicas específicas na MAF para recategorizar variantes de surdez patogênica relatadas.[9]

Interpretando dados MAF (Tutorial) editar

1. Apresente a referência de um SNP de interesse, como exemplo: rs429358, em um banco de dados (dbSNP ou outro).

2. Encontre o link MAF / MinorAlleleCount. MAF / MinorAlleleCount: C = 0,1506 / 754 (1000 genomas);[10] onde C é o alelo menor para aquele locus particular; 0,1506 é a frequência do alelo C (MAF), ou seja, 15% no banco de dados 1000 Genomes; e 754 é o número de vezes que esse SNP foi observado na população do estudo.

Ver também editar

Referências editar

  1. ↑ a b Asif, Huma; Alliey-Rodriguez, Ney; Keedy, Sarah; Tamminga, Carol A.; Sweeney, John A.; Pearlson, Godfrey; Clementz, Brett A.; Keshavan, Matcheri S.; Buckley, Peter (17 de fevereiro de 2020). «GWAS significance thresholds for deep phenotyping studies can depend upon minor allele frequencies and sample size». Molecular Psychiatry (em inglês): 1–8. ISSN 1476-5578. doi:10.1038/s41380-020-0670-3. Consultado em 6 de maio de 2021 
  2. ↑ Hernandez, Ryan D.; Uricchio, Lawrence H.; Hartman, Kevin; Ye, Chun; Dahl, Andrew; Zaitlen, Noah (setembro de 2019). «Ultra-rare variants drive substantial cis-heritability of human gene expression». Nature genetics (9): 1349–1355. ISSN 1061-4036. PMC 6730564 . PMID 31477931. doi:10.1038/s41588-019-0487-7. Consultado em 6 de maio de 2021 
  3. ↑ Kang, Eun Yong; Martin, Lisa J.; Mangul, Serghei; Isvilanonda, Warin; Zou, Jennifer; Ben-David, Eyal; Han, Buhm; Lusis, Aldons J.; Shifman, Sagiv (novembro de 2016). «Discovering Single Nucleotide Polymorphisms Regulating Human Gene Expression Using Allele Specific Expression from RNA-seq Data». Genetics (3): 1057–1064. ISSN 1943-2631. PMC 5105841 . PMID 27765809. doi:10.1534/genetics.115.177246. Consultado em 6 de maio de 2021 
  4. ↑ The International HapMap Consortium (2005). «A haplotype map of the human genome». Nature. 437: 1299–1320. Bibcode:2005Natur.437.1299T. PMC 1880871 . PMID 16255080. doi:10.1038/nature04226 
  5. ↑ Fadista, João; Manning, Alisa K.; Florez, Jose C.; Groop, Leif (agosto de 2016). «The (in)famous GWAS P -value threshold revisited and updated for low-frequency variants». European Journal of Human Genetics (em inglês) (8): 1202–1205. ISSN 1476-5438. doi:10.1038/ejhg.2015.269. Consultado em 6 de maio de 2021 
  6. ↑ Tabangin, Meredith E.; Woo, Jessica G.; Martin, Lisa J. (15 de dezembro de 2009). «The effect of minor allele frequency on the likelihood of obtaining false positives». BMC Proceedings (em inglês) (7): S41. ISSN 1753-6561. PMC 2795940 . PMID 20018033. doi:10.1186/1753-6561-3-S7-S41. Consultado em 6 de maio de 2021 
  7. ↑ Linck, Ethan; Battey, C. J. (2019). «Minor allele frequency thresholds strongly affect population structure inference with genomic data sets». Molecular Ecology Resources (em inglês) (3): 639–647. ISSN 1755-0998. doi:10.1111/1755-0998.12995. Consultado em 6 de maio de 2021 
  8. ↑ Sidore, C., y colaboradores (2015). «Genome sequencing elucidates Sardinian genetic architecture and augments association analyses for lipid and blood inflammatory markers». Nature Genetics. 47: 1272–1281. PMC 4627508 . PMID 26366554. doi:10.1038/ng.3368 
  9. ↑ Shearer, A. Eliot; Eppsteiner, Robert W.; Booth, Kevin T.; Ephraim, Sean S.; Gurrola, José; Simpson, Allen; Black-Ziegelbein, E. Ann; Joshi, Swati; Ravi, Harini (2 de outubro de 2014). «Utilizing ethnic-specific differences in minor allele frequency to recategorize reported pathogenic deafness variants». American Journal of Human Genetics (4): 445–453. ISSN 1537-6605. PMC 4185121 . PMID 25262649. doi:10.1016/j.ajhg.2014.09.001. Consultado em 6 de maio de 2021 
  10. ↑ National Center for Biotechnology Information: New SNP Attributes
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