Na Copa, foi sorteado no grupo H, onde enfrentaria a Espanha, o Chile e a Suíça. Estreou derrotada para o Chile (1 x 0) com um gol do atacante Jean Beausejour, perdeu para a Espanha (2 x 0) com os dois gols marcados pelo artilheiro da Copa David Villa, e empatou com a Suíça em uma partida sem gols. Acumulou apenas 1 ponto, tendo permanecido na última colocação de seu grupo, não se classificando para as oitavas-de-final.
Mesmo tendo feito uma boa campanha na Copa Ouro da CONCACAF 2009, tendo ficado na 3ª colocação junto com a Costa Rica, fez uma das três piores campanhas da Copa, tendo ficado na 30ª colocação dentre as 32 seleções que disputaram o campeonato.
Das 35 seleções nacionais que disputavam 3 vagas garantidas e 1 não-garantida na Copa, Honduras, por ser uma das 13 seleções da CONCACAF que melhor se classificava no Ranking Mundial da FIFA de maio de 2007, já se classificava para a Segunda Fase, onde disputaria uma vaga com outras onze seleções. Os hondurenhos, particularmente, disputaram uma vaga para a Terceira Fase com Porto Rico, que venceu pelo placar agregado de 6 a 2. Na Terceira Fase, ficou no Grupo 2, onde classificou-se em 1º lugar para a Quarta Fase. Na Quarta Fase, a fase classificatória, terminou na terceira colocação, garantindo assim sua vaga na Copa.
Reynaldo Rueda
Ver artigo principal: Eliminatórias da Copa do Mundo FIFA de 2010 - América do Norte, Central e Caribe (segunda fase)
Porto Rico
25'
JAM Courtney Campbell
GUA Walter López
Espanha
Chile
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Honduras
SEY Eddy Maillet
JPN Yuichi Nishimura
ARG Héctor Baldassi
