Em 1988, com a promulgação da atual [[Constituição brasileiraBrasileira de 1988|Constituição]], conhecida como adenominada "Constituição Cidadã" por [[Ulisses Guimarães]], foram instituídos os [[Tribunal Regional Federal|Tribunais Regionais Federais]] – TRFs, com o objetivo de substituir e regionalizar a jurisdição do extinto Tribunal Federal de Recursos (TFR), determinando-se que a fixação de suas sedes fosse regulamentada por meio de lei ordinária (arts. 106 e 107).
Em seqüência, o Ato das Disposições Constitucionais Transitórias – ADCT criou os cinco TRFs e estabeleceu o prazo de seis meses para a instalação de cada um deles (art. 27, § 6º).
Atendendo aos preceitos constitucionais, o TFR editou a Resolução 1, de 06/10/1988, fixando as sedes e as jurisdições dos cinco TRFs. Assim, ficou estabelecido que o Tribunal Regional Federal da Terceira Região teria sede em [[São Paulo (cidade)|São Paulo]] e jurisdição apenas sobre os estados de [[São Paulo]] e [[Mato Grosso do Sul]]. A pequena jurisdição, comparada aos demais TRFs ocorre devido ao grande volume de processos presentes no TRF 3TRF3, representando 50% da ações ajuizadasjudiciais em trâmite em toda naa Justiça Federal do país.
Inicialmente, em [[1989]] o TRF 3TRF3 foi instalado no 11º andar do Fórum Ministro Pedro Lessa, órgãosede da primeiraJustiça instânciaFederal dade Justiça1º FederalGrau de São Paulo. Após reformas, o Tribunal foi transferido para o centro da cidade, no imóvel da antiga [[Fepasa]], localizado na Rua Libero Badaró. Em [[1999]], em permuta com a [[Caixa Econômica Federal]], o TRF 3TRF3 passou a ocupar a torre sul do Edifício Cetenco Plaza, um dos mais vistosos da [[Avenida Paulista]], onde permanece desde então.
