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===HIV/AIDS===
Em [[10 de outubro]] de [[2008]] foi noticiado que o [[Sistema Único de Saúde]] (SUS) está autorizado, a partir de [[2009]], a distribuir o medicamento Raltegravir, um anti-retroviral para pessoas portadoras de [[HIV]] que desenvolveram multirresistência aos tratamentos comuns. Essa será a 18ª droga incorporada para tratamento de portadores do vírus pelo SUS <ref>http://mixbrasil.uol.com.br/mp/upload/noticia/11_101_69359.shtml</ref>.
===Influenza H1N1 ("Gripe suína")===
Em 2009, Temporão enfrentou a epidemia de influenza H1N1, também conhecida como "gripe suína". Até o dia 08/08/2009, o total de mortes no país pelo vírus H1N1 era de 169. A política do Ministério da Saúde consiste, por via de regra, na monitoração dos sintomas dos pacientes com suspeita/confirmação de infecção e o tratamento sintomático.
O medicamento antiviral Tamiflu, eficaz contra o H1N1, vem sendo administrado com fortes restrições. O medicamento é fornecido apenas aos pacientes que se encontram nos grupos de risco (crianças, idosos, gestantes e imunosuprimidos) e àqueles que apresentam sintomas agravados da doença. A venda do Tamiflu nas farmácias e sua importação está proibida e os estoques remanescentes foram removidos das farmácias.
Esta posição, que é contrária à adotada por muitos países como os Estados Unidos, Inglaterra, França, Chile, entre outros (onde o Tamiflu vem sendo administrado amplamente já nos primeiros sintomas), vem sendo bastante criticada por vários setores da sociedade. Uma das principais críticas baseia-se no fato de que o Tamiflu, segundo informações do próprio fabricante, só é eficaz nas primeiras 48 horas do aparecimento dos sintomas. Portanto, como no Brasil o uso só é liberado após o agravamento das condições do paciente, o medicamento tem eficácia reduzida ou inteiramente anulada. Diversas entidades de classe como a Defensoria Pública da União têm ingressado com ações judiciais para obter uma reversão da política restritiva do Ministério da Saúde, mas até o momento não houve resultados.
Porém, o Ministério da Saúde, respaldado por estudos epidemiológicos, vem sustendando que o uso amplo do Tamiflu poderia ocasionar o surgimento de uma mutação do H1N1 resistente ao medicamento, e afirma que o Brasil possui estoques suficientes para responder às demandas atuais e futuras da epidemia. Até o momento (agosto/2009), a posição do Ministério da Saúde é firme com relação à manutenção das restrições rígidas ao uso do medicamento, apesar dos protestos.
==Atrito com o PMDB==
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