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O museu formalmente foi fundado em 10 de junho de [[1793]], durante a [[Revolução Francesa]]. Sua origem encontra-se no "Jardim real das plantas medicinais", criado por [[Luís XIII de França|Luís XIII]], em [[1635]], dirigido e administrado pelos [[médico]]s da realeza. Em 31 de março de [[1718]], por proclamação do jovem rei [[Luís XV de França|Luís XV]], foi removido a sua função médica, transformando-o num jardim voltado para a história natural. O Jardim passou a ser conhecido simplesmente por [[Jardim do Rei]].
 
Entre [[1739]] e [[1788]], o Jardim foi dirigido por [[Georges-Louis Leclerc, conde de Buffon]], um dos principais [[naturalista]]s do [[iluminismo]], trazendo fama e prestígio internacional à instituição. Transformado em "Museu Nacional de História Natural" em [[1793]], abriu em [[1794]], tendo como um dos seus professores fundadores, o eminente [[Jean-Baptiste de Lamarck]]. O Museu continuou a florescer no século seguinte, principalmente sob a direção de naturalistas, como [[Georges Cuvier}}]] e o [[químico]] [[Michel Eugène Chevreul]], rivalizando com a [[Universidade de Paris]] em relação à pesquisa científica. [[Henri Becquerel]], professor de [[física|física aplicada]] do Museu, entre [[1892]] e [[1908]], descobriu as propriedades da [[radiação]] do [[urânio]]. Quatro gerações de Becquerel passaram por esta instituição entre [[1838]] e [[1948]].
 
O decreto de 12 de dezembro de [[1891]] acabou com esta fase, voltando a dar ênfase à história natural. Após ter recebido autonomia financeira, em [[1907]], iniciou uma nova fase de crescimento, abrindo instalações através da [[França]] durante o período de [[entre-guerras]]. Nas décadas recentes, concentrou seus esforços na pesquisa e educação sobre os efeitos da exploração humana no ambiente.
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