Em 31 de maio de 2000 foi nomeado bispo. Recebeu a sagração episcopal em 20 de agosto de 2000 pelas de Dom [[José Cardoso Sobrinho|Dom José Cardoso Sobrinho]], [[Arquidiocese de Olinda e Recife|Arcebispo]] de [[Olinda]] e [[Recife]], Dom [[Marcelo Pinto Carvalheira|Dom Marcelo Pinto Carvalheira]], [[Arquidiocese da Paraíba|Arcebispo]] da [[Paraíba]], e Dom [[Clemente José Isnard|Dom Clemente José Isnard]], bispo de [[Diocese de Nova Friburgo|Nova Friburgo]], tornando-se [[bispo-auxiliar]] da Arquidiocese de Olinda e Recife no período de [[2000]] a [[2005]]. Entre [[2002]] e [[2005]], foi presidente do Regional Nordeste 2 da [[Conferência Nacional dos Bispos do Brasil|CNBB]]-Regional Nordeste 2, período emdurante queo sequal tornoufoi membro do Conselho Permanente da CNBB em [[Brasília]].
Em 18 de maio de 2005, foi nomeado bispo da [[Diocese de Sobral]], no estado do [[Ceará]], pelo [[Papa]][[Bento XVI]]. Entre 2005 e [[2009]], atuou como secretário do Regional Nordeste 1 da CNBB e Presidente da Comissão Regional para a Vida e Família do Regional. Em Sobral Dom Fernando fez importantes trabalhos pastorais, onde se destaca a iniciativa de implantar as "Comissões Episcopais Pastorais" da CNBB, além da fundação da Fazenda Esperança, que trabalha na recuperação de jovens com dependência química.
Nomeado oficialmente como novo Arcebispo de Olinda e Recife no dia 1º de julho de 2009, Dom Fernando foi empossado, no dia 16 de agosto de 2009, tornando-se o 8º Arcebispo Metropolitano de Olinda e Recife e o 32º bispo a ocupar o sólio olindense.▼
▲Nomeado oficialmente como novo Arcebispo de Olinda e Recife no dia 1º de julho de 2009, Dom Fernando foi empossado, no dia 16 de agosto de 2009, tornando-se o 8º Arcebispo Metropolitano de Olinda e Recife e o 32º bispo a ocupar o sólio olindense.
==Obras de Dom Fernando nos quatro anos de seu bispado em Sobral==
