Em 2002 teve uma grave lesão que antecipou sua [[aposentadoria]], mas só no ano seguinte deixa de vez de jogar. ComoCom a lesão Sérgio Baresi começa a fez dupla função no [[Esporte Clube Santo André|Santo André]] como [[zagueiro]] e auxiliar [[técnico]]. Em [[2004]] se torna o técnico das categorias de base do Santo André. Depois de passar pelo [[Associação Desportiva São Caetano|São Caetano]], em [[2008]] volta para São Paulo onde foi revelado, mas desta vez com [[técnico]] do São Paulo Sub-20. Com a conquista do [[Copa São Paulo de Futebol Júnior]] em [[2010]], Sérgio Baresi recebe em Agosto de 2010 a oportunidade para ser técnico do time profissional do São Paulo após a saída de [[Ricardo Gomes]]. Contudo, em Outubro de 2010, o time não teve os resultados esperados e contrata [[Paulo César Carpeggiani]] para o cargo, e Sérgio recontinua os trabalhos São Paulo Sub-20.
