A doença cursa com inflamação destrutiva de toda a parede do [[cólon]] e [[rectoreto]], de forma contínua (diferentemente da [[doença de Crohn]]). Inicialmente limita-se à [[mucosa]], mas depois surgem múltiplas pequenas [[úlceraúlceras]]s na parede intestinal, devido à inflamação profunda.
A destruição da parede e das vilosidades gera uma [[diarreia]] de má-absorção, por vezes com sangue ou [[muco]], e acompanhada de [[febre]] e [[dor]]es abdominais, e por vezes vómitos e náuseas. É comum o [[tenesmo]], ou sensação de que o rectoreto ainda tem fezes mesmo após a evacuação estar completa. Os periodos sintomáticos alternam com períodos alargados sem qualquer sintoma. Muitos indivíduos apresentam progressão lenta e lesões mínimas, outros rápida ou mesmo fulminante com problemas agudos possiveis adicionais como desidratação e [[anemia]]. Num terço dos casos todo o colon está afectadoafetado, nos restantes algumas áreas são poupadas.
São ainda frequentes as fissuras anais (15% dos casos) ou abcessos rectais.
