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Após o seu regresso a Londres, em [[1882]], casou com Lucy Marianne Davys, de quem teve dois filhos e três filhas. Nesse mesmo ano foi nomeado responsável pela catalogação dos [[fóssil|fósseis]] de [[mamífero]]s, [[réptil|répteis]] e [[ave]]s no [[Natural History Museum]], cargo que exerceu de 1882 a 1896. Em resultado desse trabalho e da sua experiência no [[subcontinente indiano]], publicou as obras ''A Manual of Palaeontology'' (em colaboração com [[Henry Alleyne Nicholson]], 1889) e ''The Wild Animals of India, Burma, Malaya, and Tibet''.
 
Lydekker foi também influente no nascimento da [[biogeografia]], tendo delineado em [[1895]] a fronteira biogeográfica, conhecida como a ''[[Linha de Lydekker]]'', que atravessando a actual [[Indonésia]] separa a ''[[Wallacea]]'', a noroeste, da ''[[Austrália-Nova Guiné]]'', a sueste.
 
Lydekker escreveu a obra ''Royal Natural History'', publicada em Londres pelo editor [[Frederick Warne & Co]] nos anos de 1893-1894. A obra, com prefácio de [[Philip Lutley Sclater]], saiu em 6 volumes, ilustrados com 72 gravuras coloridas e 1600 gravuras, e atingiu uma grande popularidade.
Foi feito sócio da [[Royal Society]] em 1894 e recebeu a [[Medalha Lyell]] em 1902.
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== Obras principais==
* ''Indian Tertiary Vertebrata''.
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