A Penalidade constante para lacunas é o tipo mais simples de penalidade para lacunas. O único parâmetro, dw, é adicionado à pontuação do alinhamento quando a lacuna é aberta pela primeira vez. Isto significa que qualquer lacuna recebe a mesma penalidade, independentemente do seu tamanho.
== Penalidade para Lacunas Linear ==
Penalidades para lacunas linear tem apenas um parâmetro, dw, que é uma penalidade por unidade de comprimento<ref name=setubal>{{Referência a livro|autor=Setubal, João; Meidanis, João|título=Introduction to Computational Molecular Biology|subtítulo=|idioma=|edição=|local=Boston|editora=PWS Publishing Company|ano=1997|páginas=296|página=60-64|volumes=|volume=|id=ISBN 0-534-95262-3}}</ref>. Essa é quase sempre negativa, de modo que o alinhamento com menos lacunas é favorecido sobre o alinhamento com mais lacunas. Sob uma penalidade para lacunas linear, a penalidade total para uma lacuna grande é a mesma que para muitas lacunas pequenas.
Denotando a função linear por <math>w(k)</math>, para <math>k \geq 1</math>, e a penalidade associada com uma lacuna de <math>k</math> espaços temos
:<math>w(k) = bk</math>,
onde b é o valor absoluto do escore associado a um espaço.
