A atrofia nas células é mediada pelos sistemas proteolíticos: hidrolases [[Lisossomo|lisossômicaslisossómicas]] e principalmente a via da [[ubiquitina]] e [[proteossoma]], no qual as proteínas a serem degradadas são conjugadas à ubiquitina e levadas ao complexo preteossoma, onde são lisadas.
A [[ubiquitinação]] é ativada por hormônioshormonas como os glicocorticóides e oa hormôniohormona tireoidianotireoidiana (T<sub>3</sub> e T<sub>4</sub>), e também pelo fator de necrose tumoral (''[[TGF]]'')
A formação de vacúolos autofágicos é um fenômenofenómeno inerente à atrofia, sendo conseqüênciaconsequência da digestão de organela pelos lisossômos. O conhecimento deste fenômenofenómeno é importante pois dele podem surgir patologias de acúmulo intralisossomal de materiais resistentes à digestão, como por exemplo o acúmulo de grânulos de [[lipofuscina]] (pigmento originário do metabolismo de [[fosfolipídio]]).
