BLOSUM: diferenças entre revisões
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Vários conjuntos de matrizes BLOSUM existem usando bases de dados de alinhamento diferentes, batizadas com números. As matrizes BLOSUM com números elevados são projetadas para comparar seqüências intimamente relacionadas, enquanto que aquelas com baixos números são projetadas para comparar seqüências distantemente relacionadas. Por exemplo, a BLOSUM80 é usada para alinhamentos menos divergentes, e a BLOSUM45 é usada para alinhamentos mais divergentes. As matrizes foram criadas pela fusão (clustering) de todas as seqüências que eram mais semelhantes do que uma determinada percentagem em uma única seqüência e depois comparando somente estas seqüências (aquelas que foram mais divergentes do que o valor percentual determinado); reduzindo assim a contribuição de seqüências estreitamente relacionadas. O percentual utilizado foi acrescentada ao nome, formando BLOSUM80, por exemplo, quando sequencias mais de 80% idênticas foram agrupadas.
Escores dentro de uma BLOSUM são pontuações do [[Razão de chance|logaritmo das razões de chance]] que medem, em um alinhamento, o logaritmo para a razão entre a probabilidade de dois aminoácidos aparecendo com um sentido biológico e a probabilidade de os mesmos aminoácidos aparecendo por acaso.
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To calculate a BLOSUM matrix, the following equation is used:
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