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Apesar do efeito nocivo às células humanas, vários agentes mutagênicos são aproveitados pela ciência. Vírus e bactérias são usados na [[engenharia genética]] para a obtenção de seres [[transgênico]]s, atuando como vetores de [[gene]]s sintetizados em laboratório a serem injetados no organismo a ser modificado. Algumas substâncias mutagênicas são utilizadas na [[quimioterapia]], em quantidades mínimas, atuando sobre tumores sem causar grandes danos ao organismo. Da mesma forma, radiações ionizantes (como [[raios alfa]]) também são empregadas no combate a tumores através da [[radioterapia]]. Outra radiação ionizante, o [[Raio X]] é largamente utilizado na [[medicina]].
 
Não se deve confundir agentes mutagênicos com um possível efeito mutagênico de substancia presente em organismos transgênicos - OGM e/ou associados ao seu processo de fabricação. A lei federal do Brasil, número 11.105 de março de 2005, afirma claramente que organismo mutagênico não é a mesma coisa que organismo transgênico. A mutagenese modifica alguns pares de base de um gene existente, enquanto a transgenia insere milhares de pares de bases, genes completos que não existiam naquela espécie, originados de um organismo doador.
 
Lei Federal (Brasil) 11.105
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