O Arquivo Histórico da FCT foi aberto ao público em 16 de Dezembro de 2011. Funciona na cave do edifício sede e é consultável online. Reúne espólios da própria FCT, das suas instituições antecessoras e doaçõesobtidos por doação, como o do Arquivo do ex-Presidente da JNICT e ex-Ministro da Ciência, [[José Mariano Gago]]. O número 0 da newsletter online da FCT<ref>FCT ''Newsletter, nº 0''. [http://newsletter.fct.pt/ Fundação para a Ciência e a Tecnologia]. Acedido em 24 de Dezembro de 2011.</ref> é essencialmente dedicado ao Arquivo referindo em particular o protocolo firmado com a [[Fundação Mário Soares]] relativo à digitalização e tratamento de documentos.
