A Fundação financia a actividadeatividade científica de unidades de investigação, projectosprojetos apresentados por grupos de investigadores e a formação de investigadores individuais através da atribuição de [[bolsa de estudos|bolsa]]s na sua maioria destinadas ao apoio a estudos a [[pós-graduação|nível pós-graduado]] ([[doutoramento]] e pós-doutoramento). O apoio a unidades, projectosprojetos ou bolsas é determinado por avaliações realizadas por painéis de avaliadores formados por cientistas não nacionais, no caso de unidades e projectosprojetos, e nacionais, no caso de bolsas. Outras formas de apoio incluem o ''Fundo de Apoio à Comunidade Científica'' que apoia a publicação de livros, realizações de congressos científicos, etc., ou o ''Programa Nacional de Reequipamento Científico'' para a aquisição de equipamento. Em [[2007]] e [[2008]] também estabeleceu com unidades científicas seleccionadasselecionadas apoios à contratação por cinco anos de doutorados no que ficou conhecido como programa Ciência 2007(8) resultando na contratação de mais de 1000 doutorados. Concursos de menor dimensão com o mesmo fim foram realizados em 2011 (programa Welcome II, cerca de 50 contratos) e estão anunciados para 2012 (80 contratos).
O apoio a projectosprojetos e à formação a nível de doutoramento e pós-doutoramento faz-se maioritariamente através de concursos nacionais abertos, no caso de projectosprojetos, com intervalos de um a dois anos, e no caso da formação anualmente. Os intervalos entre avaliações de unidades são nominalmente de 3 anos mas, na prática, são menos frequentes.
Os financiamentos da FCT correspondem, no período 2007/9, a cerca de um terço da despesa pública portuguesa em I&D num valor de cerca de 400 milhões de euros.<ref>''FCT — Investimento no Sistema Científico e Tecnológico Nacional''. [http://www.fct.pt/estatisticas/global Fundação para a Ciência e a Tecnologia]. Acedido em 17 de Julho de 2011.</ref>
