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[[Ficheiro:L Pauling.jpg|thumb|left|180px|[[Linus Pauling]]: um dos cientistas que contribuiram para o avanço das metodologias de análise de metabólitos em fluidos biológicos]]
 
O termo "'''metaboloma'''" foi citado pela primeira vez em literatura científica em 1998, por Oliver e colaboradores <ref>{{cite journal |author=Oliver SG, Winson MK, Kell DB, Baganz F |title=Systematic functional analysis of the yeast genome |journal=Trends Biotechnol. |volume=16 |issue=9 |pages=373–8 |year=1998 |month=setembro |pmid=9744112 |doi= 10.1016/S0167-7799(98)01214-1|url=http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167779998012141}}</ref>, já o termo "'''metabolômica'''" foi cunhado em analogia a [[transcritoma|transcriptômica]] e [[proteômica]]. Esta área experimentou considerável desenvolvimento principalmente para responder questões da [[biologia sistêmica]]. Dentre estas questões, pode ser citado o fato de que os níveis de [[Transcrição (genética)|transcrição]] do [[RNAm]] não necessariamente reflete a atividade de proteínas expressas, ou seja, uma vez [[Tradução (genética)|traduzidas]], as proteínas - os produtos finais da [[expressão gênica]] - podem ou não desempenhar suas funções, podem permanecer inativas. Deste modo, alterações no transcritoma e no proteôma de um indivíduo podem não corresponder às mudanças fenotípicas.<ref name=Villas/> Assim, para o desenvolvimento do conceito de biologia sistêmica, a metabolômica forneceria informações mais apropriadas para solucionar este problema.<ref>{{cite journal | author=Kell DB |title=Metabolomics and systems biology: making sense of the soup |journal=Current Opinion in Microbiology |volume=7 |issue=| pages=296–307 |year=2004 |month= |pmid= |url=http://http://service004.hpc.ncsu.edu/toxicology/websites/courses/epagrant/documents/Shea/Metabolomics%20curr_opinion.pdf}}</ref><ref>{{cite journal | author=Saito K, Matsuda F |title=Metabolomics for Functional Genomics, Systems Biology, and Biotechnology|journal=Annual Review of Plant Biology|volume=61 |issue=| pages=463-489 |year=2010 |month=junho |pmid= |doi=10.1146/annurev.arplant.043008.092035 |url=}}</ref> A presença dos metabólitos representa uma informação integrativa da função celular em nível molecular, definindo assim o fenótipo de uma célula ou tecido em resposta a alterações ambientais ou genéticas. A identificação de metabólitos é então um complemento fundamental para determinar a função de um [[gene]].<ref name=Villas/>
 
Em 2005, o primeiro [[banco de dados]] de metabolômica para a caracterização de metabólitos humanos, o [[METLIN]]<ref name="Smith CA, I'Maille G, Want EJ, Qin C, Trauger SA, Brandon TR, Custodio DE, Abagyan R, Siuzdak G 2005 747–51">{{cite journal | author=Smith CA, I'Maille G, Want EJ, Qin C, Trauger SA, Brandon TR, Custodio DE, Abagyan R, Siuzdak G |title=METLIN: a metabolite mass spectral database |journal=Ther Drug Monit |volume=27 |issue=6| pages=747–51 |year=2005 |month=dezembro |pmid=16404815 |url=http://masspec.scripps.edu/publications/public_pdf/107_art.pdf}}</ref> foi desenvolvido por pesquisadores do laboratório Siuzdak no ''Scripps Research Institute'' e este continha informação sobre mais de 5.000 metabólitos além de dados espectroscópicos de massa em tandem. Em 2011, o METLIN possuia registrado aproximadamente 40.000 metabólitos, sendo o maior repositório de dados de espectrometria de massa em tandem da área de metabolômica.
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