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Linha 96: Dentre outros programas populares para análise de dados de EM baseado em metabolômica podem ser citados o MZmine<ref>{{cite journal \|author=Katajamaa M, Miettinen J, Oresic M \|title=MZmine: toolbox for processing and visualization of mass spectrometry based molecular profile data \|journal=Bioinformatics \|volume=22 \|issue=5 \|pages=634–36 \|year=2006 \|month=março \|pmid=16403790 \|doi=10.1093/bioinformatics/btk039 \|url=http://mzmine.sourceforge.net/download.shtml}}</ref>, MetAlign<ref>{{cite journal \|author=Lommen A \|title=MetAlign: interface-driven, versatile metabolomics tool for hyphenated full-scan mass spectrometry data processing \|journal=Anal Chem \|volume=81 \|issue=8 \|pages=3079–86 \|year=2009 \|month=abril\|pmid=19301908 \|doi=10.1021/ac900036d \|url=http://www.metalign.wur.nl/UK/Download+and+publications/}}</ref>, MathDAMP<ref>{{cite journal \|author=Baran R, Kochi H, Saito N, Suematsu M, Soga T, Nishioka T, Robert M, Tomita M \|title=MathDAMP: a package for differential analysis of metabolite profiles \|journal=BMC Bioinformatics \|volume=7 \|pages=530 \|year=2006 \|month=dezembro\|pmid=17166258 \|pmc=1764210 \|doi=10.1186/1471-2105-7-530 \|url=http://mathdamp.iab.keio.ac.jp/}}</ref>, que também compensam o desvio do tempo de retenção durante a análise da amostra. LCMStats<ref>{{citation \|author=Singh S \|title=LCMStats: an R (programming language) package for detailed analysis of LCMS data\|url=http://sourceforge.net/projects/lcmstats/}}</ref> é outro [[R (linguagem de programação)\|pacote do R]] para monitoramento detalhado de dados provenientes de análises por cromatografia líquida acoplada a espectrometria de massa (CL-EM) e é útil especialmente na identificação de co-eluição de íons isotopologues em uma amostra com perfil metabólico complexo. Este programa combina funções da pacote XCMS e pode aplicar diversas funções estatísticas para a correção de saturação do detector. Os dados de metabolômica também podem ser analisados por métodos de projeção estatística ([[quimiometria]]) como a [[Análise de Componentes Principais\|análise de componentes principais]] e pela regressão dos mínimos quadrados parciais (PLS).<ref>{{cite journal \|author=Trygg J, Holmes E, Lundstedt T \|title=Chemometrics in metabonomics \|journal=J. Proteome Res. \|volume=6 \|issue=2 \|pages=469–79 \|year=2007 \|month=fevereiro\|pmid=17269704 \|doi=10.1021/pr060594q \|url=}}</ref>

Metabolômica: diferenças entre revisões