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Dentre outros programas populares para análise de dados de EM baseado em metabolômica podem ser citados o MZmine<ref>{{cite journal |author=Katajamaa M, Miettinen J, Oresic M |title=MZmine: toolbox for processing and visualization of mass spectrometry based molecular profile data |journal=Bioinformatics |volume=22 |issue=5 |pages=634–36 |year=2006 |month=março |pmid=16403790 |doi=10.1093/bioinformatics/btk039 |url=http://mzmine.sourceforge.net/download.shtml}}</ref>, MetAlign<ref>{{cite journal |author=Lommen A |title=MetAlign: interface-driven, versatile metabolomics tool for hyphenated full-scan mass spectrometry data processing |journal=Anal Chem |volume=81 |issue=8 |pages=3079–86 |year=2009 |month=abril|pmid=19301908 |doi=10.1021/ac900036d |url=http://www.metalign.wur.nl/UK/Download+and+publications/}}</ref>, MathDAMP<ref>{{cite journal |author=Baran R, Kochi H, Saito N, Suematsu M, Soga T, Nishioka T, Robert M, Tomita M |title=MathDAMP: a package for differential analysis of metabolite profiles |journal=BMC Bioinformatics |volume=7 |pages=530 |year=2006 |month=dezembro|pmid=17166258 |pmc=1764210 |doi=10.1186/1471-2105-7-530 |url=http://mathdamp.iab.keio.ac.jp/}}</ref>, que também compensam o desvio do tempo de retenção durante a análise da amostra.
 
LCMStats<ref>{{citation |author=Singh S |title=LCMStats: an R (programming language) package for detailed analysis of LCMS data|url=http://sourceforge.net/projects/lcmstats/}}</ref> é outro [[R (linguagem de programação)|pacote do R]] para monitoramento detalhado de dados provenientes de análises por cromatografia líquida acoplada a espectrometria de massa (CL-EM) e é útil especialmente na identificação de co-eluição de íons isotopologues em uma amostra com perfil metabólico complexo. Este programa combina funções da pacote XCMS e pode aplicar diversas funções estatísticas para a correção de saturação do detector.
 
Os dados de metabolômica também podem ser analisados ​​por métodos de projeção estatística ([[quimiometria]]) como a [[Análise de Componentes Principais|análise de componentes principais]] e pela regressão dos mínimos quadrados parciais (PLS).<ref>{{cite journal |author=Trygg J, Holmes E, Lundstedt T |title=Chemometrics in metabonomics |journal=J. Proteome Res. |volume=6 |issue=2 |pages=469–79 |year=2007 |month=fevereiro|pmid=17269704 |doi=10.1021/pr060594q |url=}}</ref>