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As proteínas da amostra são separadas de acordo com o peso molecular usando-se a [[eletroforese em gel]]. [[Gel|Géis]] têm várias formulações dependendo do laboratório, peso molecular das proteínas de interesse e tampões disponíveis, os géis de poliacrilamida são os mais comuns. Desde que as proteínas caminham apenas em uma direção ao longo do gel, as amostras são carregadas lado-a-lado em "valas" feitas no gel. As proteínas são então separadas por massa em "bandas" dentro de cada canaleta. Uma canaleta é reservada para um "marcador", ou ''ladder'', uma mistura disponível comercialmente de proteínas de pesos moleculares conhecidos.
Também é possível usar um gel 2-D que separa as proteínas de uma única amostra em duas dimensões e as proteínas são separadas na primeira dimensão de acordo com o ponto isoelétrico ([[pH]] no qual elas têm uma carga total igual a zero), e na segunda de acordo com seus pesos moleculares
=== Transferência ===
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