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+ MALDI
[[Ficheiro:GCMS closed.jpg|thumb|left|200px|[[Cromatografia gasosa]] acoplada a [[Espectrometria de Massas]] (CG-EM): associação entre uma técnica de separação e outra de detecção amplamente utilizada em estudos de metabolômica.]]
 
A capacidade de analisar metabólitos diretamente nas amostras originais continua a desafiar a tecnologia atual de EM, em grande parte por causa dos limites impostos pela complexidade dessas amostras, que contêm milhares a dezenas de milhares de metabólitos. Entre as tecnologias desenvolvidas para tentar resolver este desafio está a NIMS (Nanostructure-Initiator MS)<ref>{{cite journal |author=Northen T.R, Yanes O, Northen M, Marrinucci D, Uritboonthai W, Apon J, Golledge S, Nordstrom A, Siuzdak G |title=Clathrate nanostructures for mass spectrometry |volume=449 |issue=7165 |pages=1033–6 |year=2007 |journal=Nature |month=outubro |pmid=17960240 |doi=10.1038/nature06195 |url=}}</ref><ref>{{cite journal |author=Woo H, Northern TR, Yanes O, Siuzdak G |title=Nanostructure-initiator mass spectrometry: a protocol for preparing and applying NIMS surfaces for high-sensitivity mass analysis |volume=3 |issue=8 |pages=1341–9 |year=2008 |journal=Nature protocols |month=julho |pmid=18714302 |doi=10.1038/nprot.2008,110 |url=}}</ref>, que é uma abordagem para dessorção/ionização da amostra que não requer a o uso de uma matriz e, assim, facilita a identificação de moléculas pequenas (isto é, os metabólitos). [[Ficheiro:NMR-Spectrometer.png|thumb|right|120px|Um [[espectroscopia de ressonância magnética nuclear|espectrômetro de ressonância magnética nuclear]] (RMN): outra metodologia de detecção muito utilizada em metabolômica.]]A tecnologia [[MALDI]] (Matrix-Assistedionização Lasere Desorption/Ionizationdessorção a laser assistida por matriz) também é utilizada, no entanto a aplicação desta pode adicionar fundo significativo de aproximadamente 1000 Da, fato que dificulta a análise da gama de substâncias de baixa massa molecular. Devido a estas limitações, outras matrizes isentas de abordagens de dessorção/ionização têm sido aplicadas para a análise de fluidos e tecidos biológicos, como por exemplo a "SIMS" (Secondary Ion Mass Spectrometry), que foi uma das primeiras matrizes livres de dessorção/ionização e tem sido utilizada para analisar metabolitos em amostras biológicas. SIMS utiliza feixe de íons primários de alta energia para dessorver e gerar íons secundários a partir de uma superfície. A principal vantagem da SIMS é a sua alta resolução espacial (50 nm), uma característica poderosa para [[imagiologia]] de tecidos usando EM. No entanto, SIMS ainda não é prontamente aplicada à análise de fluidos biológicos e tecidos, devido à sua sensibilidade limitada a >500 Da e também pela fragmentação do analito gerado pelo feixe de íons de alta energia primária. Outra tecnologia existente é a '''DESI''' (Desorption ElectroSpray Ionization): trata-se de uma matriz para analisar amostras biológicas utilizando pulverização de solvente carregado para desabsorver íons a partir de uma superfície. As vantagens do DESI são de que nenhuma superfície especial é necessária e a análise é realizada à pressão ambiente com acesso total à amostra durante a aquisição dos dados. A resolução espacial no entanto torna-se uma limitação da DESI, pois a concentração do ''spray'' de solvente carregado é difícil. No entanto, um recente desenvolvimento denominado de laser ablação ESI (LAESI) é uma abordagem promissora para contornar essa limitação.
 
A [[espectroscopia de ressonância magnética nuclear]] de (RMN) é uma técnica de detecção que não-destrutiva ao contrário da EM, e assim, a amostra pode ser recuperada para análises posteriores. Todos os tipos de metabólitos (moléculas pequenas) podem ser analisados simultaneamente - neste sentido, de RMN é quase um detector universal. As principais vantagens da RMN são a reprodutibilidade analítica elevada e a simplicidade de preparação da amostra. No entanto, é relativamente insensível quando comparada à espectrometria de massas.<ref>{{cite journal |author=Griffin JL |title=Metabonomics: NMR spectroscopy and pattern recognition analysis of body fluids and tissues for characterisation of xenobiotic toxicity and disease diagnosis |journal=Curr Opin Chem Biol |volume=7 |issue=5 |pages=648–54 |year=2003 |month=outubro|pmid=14580571 |doi= 10.1016/j.cbpa.2003.08.008|url=}}</ref><ref>{{cite journal |author=Beckonert O, Keun HC, Ebbels TM, ''et al.'' |title=Metabolic profiling, metabolomic and metabonomic procedures for NMR spectroscopy of urine, plasma, serum and tissue extracts |journal=Nat Protoc |volume=2 |issue=11 |pages=2692–703 |year=2007 |pmid=18007604 |doi=10.1038/nprot.2007.376 |url=}}</ref> Como a sensibilidade desta técnica no decorrer doas anos, ela continua a ser uma ferramenta importante na investigação do metabolismo.<ref name=VDGarticle/><ref name=JKNnature/>.