Desmond ficou trancado na maquina Animus, lá ele encontra o Subject 16, que também ficou preso., Nono inicio do jogo, Desmond fica deslumbrado com o cenário em que acordou, e 16 e ele se encontram mas acabam discutindo após sua primeira fase do game, ele o faz lembrar dos acontecimentos anteriores do atual, incluindo acontecimentos da própria vida de Desmond. Na sua primeira fase com Ezio, você tem de descobrir onde estão as Chaves de Masyaf que abrem a porta da biblioteca de Altaïr, um lugar supostamente cheio de livros que seriam 'mais valiosos que todo o ouro do mundo'. Isso tudo acabava levando o jogador até a cidade de Constantinopla, ou [[Istambul]]. Em [[Istambul]], Ezio encontra Yusuf, líder dos Assassinos na cidade. Então Ezio tem de trabalhar juntamente com os outros Assassinos para encontrar as Chaves de Masyaf e lutar contra os Templários.
