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Pela determinação da direção da [[Universidade Candido Mendes]] de não mais pagar os salários de professores e funcionários dos programas do IUPERJ, os professores, alunos e funcionários da antiga instituição migraram para o [[Instituto de Estudos Sociais e Políticos da Universidade do Estado do Rio de Janeiro]] (IESP-UERJ) em junho de 2010, e os novos programas foram reconhecidos pela [[Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior]] (CAPES), do [[Ministério da Educação (Brasil)|Ministério da Educação]], em novembro do mesmo ano.<ref>{{cite web |url= http://www.iesp.uerj.br/carta-de-agradecimento/ |title=IESP > Carta de Agradecimento à Comunidade |first= |last= |work=iesp.uerj.br |year=2011 |accessdate=16 de junho de 2011}}</ref>
PEm 22 de junho de 2010, após uma crise institucional, os vinte professores do IUPERJ demitiram-se e, após negociação com o Governo do Estado, migraram, em sua maioria, para a Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ). Em outubro daquele ano, a UERJ abriu Edital de Transferência Externa para provimento de 140 vagas em seus recém-criados cursos de mestrado e doutorado em Ciência Política e em Sociologia, importando a transferência de todos os alunos do IUPERJ para a UERJ.
Em 1 de setembro de 2010, o Reitor da UCAM, Prof. Candido Mendes de Almeida, convidou o Prof. Dr. Geraldo Tadeu Moreira Monteiro para assumir a Direção Executiva do IUPERJ com a missão de implementar uma reestruturação do Instituto preservando suas principais conquistas acadêmicas e procurando, também, criar as condições para a retomada das atividades acadêmicas do IUPERJ. Em dezembro de 2011, foi constituído um novo corpo docente para os dois programas de pós-graduação e, em fevereiro de 2012, lançado o Edital para novas turmas de Mestrado e Doutorado.
Desde abril de 2011, foram realizados novos concursos de seleção para as turmas de Mestrado e Doutorado em Ciência Política e Relações Internacionais e de Mestrado e Doutorado em Sociologia, tendo sido selecionados, entre aquele mês e maio de 2013, 122 novos alunos para os dois programas de pós-graduação.
Em abril de 2012, o IUPERJ incorporou o Instituto de Humanidades da UCAM, tornando-se uma nova unidade de ensino e pesquisa, com a marca da excelência acadêmica. Os 650 alunos dos cinco cursos de graduação passaram a ser alunos do IUPERJ e tiveram seus cursos remodelados.
==Centros e instituições==
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