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Um certo subgrupo de genes homeobox são os '''genes Hox''', que são encontrados em um complexo especial de genes, o '''complexo Hox''' (também chamado de "cluster" Hox). Genes Hox funcionam criando o padrão do eixo corporal. Dessa forma, ao fornecer a identidade de certas regiões do corpo, os genes Hox determinam onde as [[perna]]s e outros segmentos do [[corpo]] crescerão e se desenvolverão em um [[feto]] o em uma [[larva]].
 
[[Mutação|Mutações]] em qualquer um desses genes pode levar ao crescimento de partes do corpo adicionais, geralmente não funcionais em [[invertebrado]]s, por exemplo, o complexo aristapaedia nas moscas ''Drosophila'', que resltaresulta em uma perna crescendo da cabeça no lugar de uma antena deve-se ao defeito em um único gene (essa mutação é também conhecida como Antennapedia). Mutação nos genes Hox de [[vertebrado]]s geralmente resulta em [[aborto]] espontâneo.
 
Os genes homeobox foram encontrados pela primeira vez na mosca da fruta ''Drosophila melanogaster'' e subseqüentemente tem sido identificado em várias outras espécies, desde [[inseto]]s até [[réptil|répteis]] e [[mamífero]]s. Genes homeobox têm sido encontrados em plantas e fungos, por exemplo em [[levedura]]s unicelulares. Isso sugere que essa família de genes evoluiu bem cedo e que os mecanismos básicos de morfogênese são os mesmos para muitos organismos.