Acredita-se que as mitocôndrias dodos [[espermatozóideóvulos]] dos [[mamífero]]s são geralmente destruídas pelo [[óvuloespermátozoides]] após a [[fertilização]]. Em [[1999]] foi sugerido que as mitocôndrias do espermatozóide (contendo ADN mitocondrial) são marcadas com [[ubiquitina]] (proteína marcadora que se liga covalentemente a [[lisinalisinha]]s de outras proteínas, marcando-as para destruição [[proteólise|proteolítica]] intracelular no proteossomo) para serem seleccionadas e depois destruídas dentro do [[embrião]].<ref name = "S" >Sutovsky et. al. 1999.</ref> Ocasionalmente este processo não é bem sucedido, como por exemplo nos híbridos inter-espécies.
O ADN mitocondrial tem sido estudado com o intuito de investigar linhagens muito antigas. [[Svante Pääbo]] publicou estudos que rastreavam a ancestralidade de [[cão|cães]] domésticos em 4 gerações. O conceito da [[Eva mitocondrial]] é baseado no mesmo tipo de análise.
