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Em muitos [[protozoário]]s, não se conheçe a [[reprodução sexuada]], uma dos modos já observada foi a [[fissão binária]], em que apenas ocorre a [[mitose]] do [[núcleo celular|núcleo]]; em muitos outros, no entanto, observam-se várias formas de reprodução sexuada, ocorrendo principalmente quando as condições [[ambiente|ambientais]] são adversas..<ref>[http://www.zoo1.ufba.br/repprot.htm Peixinho, Solange - "Reprodução de protozoários" no site do Departamento de Zoologia da Universidade Federal da Bahia] acessado a 5 de junho de 2009</ref> Podemos assim dizer que, nestes organismos a reprodução é uma alternância de gerações assexuadas e sexuadas.
 
Para além da fissão binária, foram ainda observadas outras formas de reprodução assexuada, como o [[brotamento]], em que uma célula continua as suas funções vitais, enquanto o [[núcleo celular|núcleo]] se divide e migra para a [[membrana]], onde se forma uma [[larva]] que posteriormente se liberta. Noutras espécies, como o ''[[Plasmodium]]'' (o organismo responsável peqlapela [[malária]]), ocorrem múltiplas mitoses na mesma célula, dando origem a uma multidão de [[esquizoíto]]s, num processo conhecido como [[esquizogonia]].
 
No que respeita a reprodução sexuada, forma igualmente observadas várias modalidades, em que existe união de duas células. Em alguns casos, como na [[paramécia]] e outros [[ciliados]], o [[micronúcleo]] sofre [[meiose]] e núcleos-filhos são trocados, para depois se juntarem dentro de cada uma das células; pode considerar-se este processo como um tipo de [[conjugação (biologia)|conjugação]], em que as células parentais mantêm a sua individualidade. Noutros casos, as células sofrem uma [[singamia]] completa, dando origem a uma célula [[zigoto|zigótica]]; nalgumas espécies não existe diferenciação, mas noutras observa-se [[anisogamia]], com a formação de células (ou "sexos") diferentes.