Diferenças entre edições de "Gráfico de Ramachandran"

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[[Ficheiro:Dihedrals.png|right|thumb|300px|Uma [[ligação peptídica]] tem dois graus de liberdade: os ângulos diedros chamados φ e ψ por Ramachandran.]]
[[Ficheiro:TCage.JPG‎|thumb|400px|Exemplo de como se vê o gráfico de Ramachandran para dois polipeptídeos TCage e Bloop.]]
O '''gráfico de Ramachandran''', '''diagrama de Ramachandran''' ou '''[φ,ψ] plot''' foi criado pelo bioquímico hindú Gopalasamudram Narayana Ramachandran junto com C. Ramakrishnan e Viswanathan Sasisekharan.<ref>{{citar periódico|páginas=95–9 |doi=10.1016/S0022-2836(63)80023-6 |título=Stereochemistry of polypeptide chain configurations |ano=1963 |autor=Ramachandran, G. N.; Ramakrishnan, C.; Sasisekharan, V. |journal=Journal of Molecular Biology |volume=7 |pmid=13990617}}</ref> Nele se pode visualizar todas as combinações possíveis de ângulos diédricos Ψ (psi) contraversus os Φ (phi) nos aminoácidos de um polipeptídeo, e que contribuem para a conformação das [[estrutura da proteína|estruturas das proteínas]].<ref>{{citar periódico|autor=RAMACHANDRAN GN, RAMAKRISHNAN C, SASISEKHARAN V |título=Stereochemistry of polypeptide chain configurations |jornal=J. Mol. Biol. |volume=7 |número= |páginas=95–9 |ano=1963 |mês=Julho |pmid=13990617 |doi= |url=}}</ref> Para cada resíduo em uma proteína, dois ângulos de torção φ (phi) e ψ (psi) determinam a conformação do esqueleto da proteína. O ângulo φ para o resíduo r1 é o ângulo diedro formado por quatro átomos: o carbono do grupo carbonilo do resíduo r0, e os átomos N, C<sup>α</sup> e C do resíduo r1. O ângulo ψ é o ângulo diedro formado pelos átomos de N, C<sup>α</sup>, e C do resíduo r1, e o átomo de N do resíduo r2. Em outras palavras: φ define a rotação em torno da ligação C<sup>α</sup>-N do resíduo, e ψ define a rotação em torno da ligação C<sup>α</sup>-C do mesmo resíduo. Um gráfico de Ramachandran é um gráfico de φ versus ψ, com um pequeno símbolo marcando a posição correspondente a φ e ψ para cada resíduo. Este gráfico permite, portanto, aproximar a priori qual será a estrutura secundária do peptídeo, uma vez que existem combinações de ângulos típicos para cada estrutura (α- hélice e folhaβ). A conformação dos péptidos é definida pela atribuição de valores para cada par de cantos Φi, Ψi para cada aminoácido. No segundo quadrante estão as combinações da folhaβ, no terceiro quadrante está a hélice α direita e as curvas ou laços (''loops''); e no primeiro quadrante as combinações da hélice α esquerda.
 
Matemáticamente, um gráfico de Ramachandran é a visualização de uma [[Função matemática|função]] <math>f: \left[-\pi,\pi\right) \times \left[-\pi,\pi\right) \rightarrow \mathbb{R_{{}+{}}}</math>. O [[Domínio (matemática)|domínio]] desta função é o [[Toro (topologia)|toro]], por conseguinte o gráfico convencional de Ramachandran corresponde a uma projeção do toro sobre o plano, resultando em uma vista distorcida e na presença de descontinuidades.