A construção de um pequeno oratório privativo do Paço Real remonta provavelmente ao séc. XII. A capela[[Capela de São Miguel]], que o veio substituir, data do séc. XVI, tendo sido patrocinada por D. Manuel I, cujo estilo decorativo está patente no Portal [[Estilo Manuelino|Manuelino]] lateral. As obras foram dirigidas por Marcos Pires e terminadas por Diogo de Castilho. A capela foi alvo de remodelações posteriores. O retábulo principal, cuja marcenaria foi projetada em 1605 por Bernardo Coelho e executada pelo entalhador e escultor Simão da Mota, é em talha dourada, destacando-se pinturas maneiristas sobre a vida de Cristo atribuídas a Simão Rodrigues e Domingos Vieira Serrão; o retábulo é considerado uma obra prima do [[maneirismo]] português. O [[Órgão (instrumento musical)|órgão]], em [[estilo barroco]], foi construído em 1733 por Frei Manuel Gomes; permanece funcional. AOs azulejos da nave e capela-mor, do tipo de tapete, foram fabricados em Lisboa e datam do século XVII, assim como a pintura do teto, da autoria de Francisco F. de Araújo,; éo doaltar finalé do séculoséc. XVIIXIII.<ref>{{citar web|URL=http://www.uc.pt/informacaopara/visit/paco/capela|título=Capela de São Miguel|autor=|data=|publicado=Universidade de Coimbra|acessodata=12-11-2014}}</ref><ref>{{citar web|URL=http://visit.uc.pt/capela/|título=Capela de S. Miguel|autor=|data=|publicado=Universidade de Coimbra|acessodata=14-11-2014}}</ref><ref name="DGPC" /><ref>{{citar web|URL=http://www.360portugal.com/Distritos.QTVR/Coimbra.VR/vilas.cidades/Coimbra/Universidade/FLASH/Altar.html|título=Universidade de Coimbra - Capela de S.Miguel - Altar|autor=|data=|publicado=360ºportugal.com|acessodata=15-11-2014}}</ref>
