Sequenciamento de DNA: diferenças entre revisões

{{SemMais-notas|data=maiofevereiro de 20092015}}

A montagem do [[genoma]] é feito através da união de um grande número de [[sequência curtasSequência de DNA|sequências de DNA]] que são juntadas para criar uma representação do [[cromossomo]] original do DNA em estudo. Em um projeto de [[sequenciamento shotgun|sequenciamento ''shotgun'']], todo o DNA do ser vivo analisado (seja uma [[bactéria]], seja um [[mamífero]]) é inicialmente particionado em milhões de pequenos pedaços. Estes pedaços são então "lidos" por máquinas de [[sequenciamento]] automático, capazes de ler até 1000 [[nucleotídeo]]s ou bases de uma só vez. Um [[algoritmo]] de montagem de genoma é então utilizado para reunir todas as partes e colocá-las na ordem original, detectando todos os locais onde existe coincidências entre pedaços distintos de DNA. As partes coincidentes podem ser fundidas, unindo dois pedaços de DNA. O processo é repetido até montar a sequência completa. O sequenciamento é um processo computacional difícil pois vários genomas possuem um grande número de sequências idênticas, às vezes com milhares de nucleotídeos, algumas ocorrendo em milhares de locais diferentes.

O método tradicional de sequenciamento de DNA foi proposto por [[Frederick Sanger]] na [[década de 1970|década de 70]] e consiste na adição de nucleotídeos modificados, chamados didesoxirribonucleotídeos, que impedem o crescimento de um fragmento de DNA em replicação pela DNA polimerase após sua adição. Esse método tem sido largamente utilizado por centros de pesquisa ao redor do globo.

Pelo [[método de Sanger]], uma fita simples de [[DNA]] que será sequenciada, é hibridizada com um [[iniciador]] de desoxinucleotídeos marcado na ponta 5 (cinco linha). Quatro misturas de reação são preparadas onde os iniciadores utilizados serão elongados por uma [[DNA polimerase]]. Cada mistura contém os quatro desoxinucleosídeos trifosfato normais mais um dos quatro didesoxinucleosídeos trifosfato em uma razão de aproximadamente 1/100. Uma vez que um didesoxinucleotídeo não tem ponta 3´-OH, não é possível haver elongação a partir do nucleotídeo adicionado, parando a reação. Desta forma, cada mistura de reação produzirá cadeias prematuramente terminadas de acordo com toda ocorrência de um didesoxinucleotídeo adicionado. Cada mistura é então separada em um [[gel]] de [[sequenciamento]] por [[eletroforese]] para se detectar cada um dos nucleotídeos presentes na sequência de DNA lida.

=== Métodos modernos - 454Pirosequenciamento ===