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Teve ainda filhos bastardos:
A - de Leonor de Escobar, filha de Alfonso Rodríguez de Escobar, [[Cavaleiro]] [[Fidalgo]] de [[Tierra de Campos]], [[Alcaide-Mor]] dos Domínios do Rei D. João II de Aragão em [[Coroa de Castela|Castela]]<ref>{{citar livro|autor=Luís Augusto de Bivar-Weinholtz Possolo de Azevedo|título=Manoel de Portugal|editora=Factos e Temas|ano=1.ª Edição, Lisboa, 1997|páginas=|id=45}}</ref>: Afonso de Aragão (1417-1495) primeiro Duque de Villahermosa Grande de Aragão em 1476, primeiro Conde de Ribagorza, Senhor e Conde de Cortes e Senhor de Igualada. Gozou injustamente por certo tempo do mestradocargo de 26.º Mestre da Ordem de Calatrava. Foi Capitão-General do Exército do Reino de Navarra, Generalíssimo das Armas, Capitão-General do Principado da Catalunha, Vice-Rei, Governador e Capitão-General dos Reinos de Castela e Leão. Casou com mais de 60 anos em 1477 com Leonor de Sotomayor y Portugal, primeira Duquesa de Cortes, filha de Juan de Sotomayor, Reposteiro-Mor dos Reis Católicos, e de sua mulher D. Isabel de Portugal, da qual teve um filho, Afonso de Aragão, 2.º Duque de Villahermosa, etc, falecido em 1513, solteiro e sem geração, e Maria de Aragão, casada com Roberto de San Severino, 3.º Príncipe de Salerno e Conde de Mersico, com geração extinta. Dizem em Espanha: «El Rey Don Juan de Aragão y Navarra tuvo amores con una judía [Sefardita] convertida y penitenciada en Saragoça, llamada María de Juncos [o Junquers], apodada La Coneja [falecida em 1506], y tuvieron a Don [[Afonso de Aragão e de Escobar]] ([[1417]] - [[1495]]), de quien descienden los Duques de Villahermosa, los duques [condes y marqueses] de Albeyda, los condes de Guelves [Gelves]. Un Duque de Villahermosa, Don Francisco de Aragão, se casó también con una hija de Zapata, judío muy rico, recién convertido.» Na realidade, María Junquers era uma Donzela Nobre [[Catalães|Catalã]], filha de ''Mosen'' Bernardo Junquers, [[Castelão]] de [[Rosses]], na [[Principado da Catalunha|Catalunha]] e [[Embaixador]] de D. João II de Aragão ao [[Duque de Milão]] [[Francesco Sforza]]. Dela, Afonso de Aragão teve dois filhos: João de Aragão, 1.º Duque de Luna e 2.º Conde de Ribagorza, e Leonor de Aragão, casada em [[Valencia del Cid]] em 1477 com [[Jaime de Milà y Borja]], Senhor da Baronia de Albayda e 1.º Conde de Albayda, em atenção ao seu casamento, com geração.<ref>{{citar livro|autor=Luís Augusto de Bivar-Weinholtz Possolo de Azevedo|título=Manoel de Portugal|editora=Factos e Temas|ano=1.ª Edição, Lisboa, 1997|páginas=|id=47}}</ref>
B - de uma senhora castelhana, Doña Fulana de Avellaneda: João de Aragão (1429-1475 Albalate de Cinca) Bispo de Saragoça.
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