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Com o sucesso deste projeto, mas ainda limitado, Bowen e Kevin Guthrie, então presidentes do JSTOR, se interessaram em expandir o número de periódicos participantes. Eles se reuniram com representantes do [[Royal Society de Londres]], e foi realizado um acordo para digitalizar o ''[[Philosophical Transactions|Philosophical Transactions of the Royal Society]]'' desde suas primeiras edições em 1665. O trabalho de inclusão desses volumes ao JSTOR foi completado em 2000.<ref>Taylor (2001) pp. 180-181</ref> Em junho de 2007, o [[banco de dados bibliográfico|banco de dados]] continha 729 títulos de periódicos e mais de 165.000 edições individuais, totalizando mais de 23 milhões de páginas de texto.<ref name="Facts">{{Cite web|url=http://www.jstor.org/about/facts.html|title=JSTOR: Facts and Figures|accessdate=2007-06-18|publisher=JSTOR|year=2007|format=Web}}</ref>
 
'''Incidente  Aaron Swartz'''
 
No final de 2010 e início de 2011, o ativista Internet Aaron Swartz<ref>{{citar web|URL = https://pt.wikipedia.org/wiki/Aaron_Swartz|título = |data = |acessadoem = |autor = |publicado = }}</ref> usando rede de dados do MIT<ref>{{citar web|URL = https://pt.wikipedia.org/wiki/Instituto_de_Tecnologia_de_Massachusetts|título = |data = |acessadoem = |autor = |publicado = }}</ref> fez download e upload posteriormente de uma parte substancial da coleção de artigos de periódicos acadêmicos do JSTOR. Quando descoberto, JSTOR parou o download, e o identificou usando câmeras escondidas no local onde Swartz usou para fazer download e upload dos periódicos.
 
No mês seguinte, as autoridades federais acusaram Swartz de "roubo de dados" relacionados com crimes, incluindo fraude eletrônica, fraude de computador, obter ilegalmente informações de um computador protegido, de forma imprudente e danos a um computador protegido.
Swartz se entregou às autoridades, não se declarou culpado de todas as acusações, e foi estabelecido 100.000 dólares de fiança. Em setembro de 2012, os advogados dos EUA aumentou o número de acusações contra Swartz de 4 para 13, com uma possível pena de 35 anos de prisão e US $ 1 milhão em multas. O caso ainda estava pendente quando Swartz cometeu suicídio em janeiro 2013.
 
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