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Entre altitudes de 100 e {{Fmtn|1500|m}}, a chamada [[floresta montana]], a vegetação atinge até {{Fmtn|40|m}}, onde encontramos espécies como o [[baguaçu]], [[jequitibá]], [[canela]]s e [[canela-santa]], muito admirada por suas floradas amarelas. Já acima de {{Fmtn|2000|m}}, a [[vegetação]] é representada principalmente por [[gramínea]]s e espécies que crescem sobre os rochedos.
 
A [[fauna]] é rica e diversificada, constituindo-se num de seus últimos redutos na região. São 462 espécies de aves, a maior riqueza registrada na Mata Atlântica; 82 espécies de mamíferos; 83 répteis e 102 anfíbios. 130 espécies ameaçadas são protegidas pelo Parque. Entre os mamíferos destacam-se o muriqui (Brachyteles arachnoides), maior primata das Américas, e grandes predadores carnívoros, como o [[puma]], ameaçado de extinção. Em 2008 pesquisadores encontraram rastros da onça pintada (Panthera onca), considerada extinta na região.
 
Entre as aves ameaçadas estão a [[Jacutinga (ave)|jacutinga]] e o tietê-de-coroa, ave endêmica da Serra dos Órgãos. Também podem ser vistos os araçaris, formando bonito contraste com a vegetação. Um cuidado que se deve ter é com as cobras venenosas, como a [[jararaca]] e [[jaracuçu]], que camufladas se deslocam pelas folhas em busca de presas desprevenidas.
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