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Modificação de peixes ocorre para torná-los mais atraentes como animais de estimação, sendo tal pratica considerada cada vez mais controversa. Historicamente, tingir peixes artificialmente era comum. Os peixes do gênero [[Ambassidae]], em particular, eram muitas vezes injetados com corantes fluorescentes.<ref>Monks, Neale: Crystal clear: keeping glassfish. Practical Fishkeeping, February 2006</ref> A revista britânica aquarismo, ''Practical Fishkeeping'' , fez campanha para remover estes peixes do mercado, educando os varejistas e aquaristas os riscos de crueldade e de saúde envolvidos.<ref name="cruel">
[http://www.practicalfishkeeping.co.uk/pfk/pages/show_article.php?article_id=72 Why it's cruel to dye] ([[Practical Fishkeeping]], 22 April 2007)</ref>
 
Em 2006, Practical Fishkeeping publicou um artigo expondo as técnicas para a realização de cirurgia plástica em peixes de aquário, sem anestesia, como descrito pela revista aquarismo cingapuriano ''Fish Love Magazine''. A cauda é cortada e corante é injetado no corpo.<ref name="surgery">
Em 2006, Practical Fishkeeping publicou um artigo expondo as técnicas para a realização de cirurgia plástica em peixes de aquário, sem anestesia, como descrito pela revista aquarismo cingapuriano ''Fish Love Magazine''. A cauda é cortada e corante é injetado no corpo.<ref name="surgery">[http://www.practicalfishkeeping.co.uk/pfk/pages/item.php?news=957 Magazine publishes guide to cosmetic fish surgery] ([[Practical Fishkeeping]], 22 April 2007)</ref>a revista também incluiu a primeira evidência documentada para demonstrar que ciclídeos papagaio são injetados com corante de cor.Fornecedores de Hong Kong estavam oferecendo um serviço em que os peixes poderiam ser [[tatuagem|tatuado]] com logotipos da empresa ou mensagens por meio de um laser de corante.<ref name="tattoo">[http://www.practicalfishkeeping.co.uk/pfk/pages/item.php?news=850 Company offers custom fish tattoos with laser] (Practical Fishkeeping, 22 April 2007)</ref> Algumas pessoas colocam [[piercings]] em seus peixes.<ref name="cruelty">[http://www.practicalfishkeeping.co.uk/pfk/pages/item.php?news=1255 Uproar at fish cruelty on YouTube] (Practical Fishkeeping, 17 May 2007)</ref>
 
Peixes híbridos, como ciclídeos [[Flowerhorn]] e o ciclídeos papagaio de sangue são controversos. Ciclídeos papagaio de sangue, em particular, têm uma forma de corpo muito "não natural" que os impede de nadar corretamente e faz com que seja difícil para eles para se envolver na alimentação normal e comportamentos sociais. A maior preocupação com os híbridos é que eles podem ser criados com espécies nativas, o que torna difícil para amadores para identificar e reproduzir determinadas espécies. Isto é especialmente importante para amadores que abrigam espécies que são raras ou extintas na natureza.<ref name="flowerhorns">[http://www.sydneycichlid.com/content/?page_id=11 flowerhorns & other hybrids] (Sydney’s Cichlid Page, 22 April 2007)</ref>Mutações extremas foram selecionadas por alguns criadores; algumas variedades [[kinguio]] em particular, têm características que impedem que os peixes de nadar, ver ou até mesmo se alimentar corretamente.
 
Peixes geneticamente modificados, tais como os [[GloFish]] tendem a se tornar cada vez mais disponíveis, particularmente nos Estados Unidos e na Ásia. Embora suas modificações genéticas não atrapalhem os GloFish,<ref name="glofish home">[http://www.glofish.com/care.asp GloFish Fluorescent Fish Care] (GloFish, 22 April 2007)</ref> eles permanecem ilegais em muitos lugares, incluindo a [[União Europeia]], apesar de, alguns já terem sido contrabandeados para a UE, provavelmente a partir de [[Taiwan]], através da [[República Tcheca]].<ref name="illegal">[http://www.practicalfishkeeping.co.uk/pfk/pages/item.php?news=1228 British aquarist bred illegal GM fish at home] (Practical Fishkeeping, 22 April 2007)</ref>
 
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