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A questão central no que concerne a origem populacional dos portugueses é que, mesmo que tivessem ficado estas minorias judias e mouriscas em percentagem relevante após a [[Reconquista]], tal não alteraria, como não alterou, as características do espectro démico português, já que, por um lado, os mouriscos tinham uma origem essencialmente ibérica e, por outro, também a tinham os judeus ibéricos (cuja origem remota se encontra na presença de minúsculas populações judias vindas do [[Médio Oriente]] ou doutros locais do [[Império Romano]] cuja expansão demográfica se deveu a influxos populacionais ibéricos, bem como, no essencial, à conversão de autóctones.<ref>Antonio Medina Molera (1980), ''Historia de Andalucía''.</ref>)
=== A escravatura africana (subsariana) ===
A presença [[África subsariana|africana subsariana]] resultante dos processos da [[Escravidão|escravatura]] [[Oceano Atlântico|atlântica]] tem sido alvo de debates e polémicas. Não só em relação a Portugal, mas igualmente em relação ao resto da Europa Ocidental,<ref>{{Citar web |url=http://www.google.com/books?id=p0jXzU1pT3YC&pg=PP1&dq=ivan+van+sertima&lr=&as_brr=3&sig=fUD8RDCfeEhWUEyplRYnQga20co |título=Ivan Van Sertima (ed.), ''African Presence in Early Europe'', Journal of African Civilizations, vol.7, nº 2, 1985. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref> isto porque havia um tráfico regular de escravos africanos não só de Portugal para Espanha, como para o resto da Europa.<ref>{{Citar web |url=http://www.personal.us.es/alporu/histsevilla/esclavos_procedencia.htm |título=Alfonso Pozo Ruiz, ''La procedencia de los esclavos negros en Sevilla''. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref> No século XVI os escravos africanos tinham já substituído todos os outros grupos étnicos e religiosos de escravos nos mercados de escravos europeus ocidentais.<ref>Herbert S. Klein (1999), ''The Atlantic Slave Trade'', Cambridge, Cambridge University Press, p.21.</ref>
Não só foi tradicionalmente difícil quantificar o número de escravos «[[negro (etnia)|negro]]s» em território português, também sempre foi difícil estimar, dadas nomeadamente as assimetrias na composição sexual das populações escravizadas, a taxa de reprodução dessas populações (por oposição, em especial, à sua substituição por novos contigentes importados). Este tema foi e é igualmente alvo de discussões de carácter político dadas a exageros, desde tentativas bem fundamentadas de reabilitação do papel dos africanos na história portuguesa,<ref>José Ramos Tinhorão (1988), ''Os Negros em Portugal - Uma Presença Silenciosa'', Lisboa, Caminho.</ref> até visões [[Racismo|racistas]] que pretendem, pela visão negativa das populações africanas, discriminar [[Portugal]] e os Portugueses.<ref>Tal é patente não só nos presentes movimentos e organizações racistas [[Nordicismo|nordicistas]], particularmente de língua inglesa, como também, no passado, na inferiorização «racial» dos Portugueses em contextos norte-americanos de recepção migratória, nos [[Estados Unidos|EUA]] e no [[Canadá]]. Ver: David Higgs (dir.), ''Portuguese Migration in global perspective'', Toronto, Multicultural History Society of Ontario, 1990.</ref> No entanto, até a antiga e desacreditada [[antropologia física]] [[Racialismo|racialista]] recusava a ideia de que se tivesse verificado um significativo influxo de populações subsarianas em Portugal.<ref>Mesmo um antropo-biólogo como Carlton Coon escrevia, no seu ''The Races of Europe'' (1939), que "On the whole, the absorption of negroes by the Portuguese has had no appreciable effect on the racial position of the country "</ref>.
Assim, não existe qualquer prova que em Portugal ou resto da Europa Ocidental, históricamente com domínios coloniais no passado; tenham sido deixadas marcas genéticas subsarianas de relevância <ref>{{Citar web |url=http://www.google.com/books?</ref> resultantes dos processos da [[Escravidão|escravatura]].
É hoje sabido encontrarem-se marcadores genéticos subsarianos em todo o [[Europa|continente europeu]], desde a [[Península Ibérica]] ao [[Mar Báltico|Báltico]]. Esses marcadores têm sido encontrados nomeadamente na [[Alemanha]], [[Dinamarca]], [[Grã-Bretanha]], [[Finlândia]], [[Sardenha]], [[Sicília]], [[Grécia]], etc. Um estudo de 2005<ref>{{Citar web |url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=16201138&dopt=Abstract |título=L. Pereira et al. (2005), ''African female heritage in Iberia: a reassessment of mtDNA lineage distribution in present times'', Hum Biol. 2005 Apr;77(2):213-29. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref> encontrou frequências do haplogrupo de ADN Mitocondrial L (de origem subsariana) em 0.62% de uma amostra [[Dinamarca|Dano]]-[[Alemanha|Alemã]], 1% numa amostra Britânica, 3.83% numa amostra Ibérica (Portugueses e Espanhóis), 2.38% numa amostra [[Albânia|Albanesa]], 2.86% numa amostra da Sardenha e 0.94% numa amostra siciliana. Por seu lado, os haplogrupos Y-cromossomáticos de origem africana E e A foram detectados em Portugal (2%), [[França]] (2.5%), Alemanha (2%), Sardenha (1.6%), [[Áustria]] (0.78%), [[Itália]] (0.45%), [[Espanha]] (0.42%) e [[Grécia]] (0.27%).<ref>{{Citar web |url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?holding=npg&cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=15042509&dopt=Abstract |título=Cruciani et al. (2004), ''Phylogeographic analysis of haplogroup E3b (E-M215) y chromosomes reveals multiple migratory events within and out of Africa'', Am J Hum Genet. 2004 May;74(5):1014-22. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref><ref>{{Citar web |url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=15280900&query_hl=13&itool=pubmed_docsum |título=C. Flores et al. (2004), ''Reduced genetic structure of the Iberian peninsula revealed by Y-chromosome analysis: implications for population demography'', Eur J Hum Genet. 2004 Oct;12(10):855-63. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref><ref>{{Citar web |url=http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/abstract/112139846/ABSTRACT |título=M. Brión et al. (2005), ''Introduction of an single nucleodite polymorphism-based Major Y-chromosome haplogroup typing kit suitable for predicting the geographical origin of male lineages'', ELECTROPHORESIS, vol. 26, n. 23 , pp. 4411-4420. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref><ref>{{Citar web |url=http://dx.doi.org/10.1016/j.forsciint.2005.06.002 |título=M. Brión et al. (2004), ''A collaborative study of the EDNAP group regarding Y-chromosome binary polymorphism analysis'', Forensic Science International, vol. 153, n. 2-3, pp. 103-108. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref><ref>{{Citar web |url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=11078479&dopt=Abstract |título=Z.H. Rosser et al. (2000), ''Y-chromosomal diversity in Europe is clinal and influenced primarily by geography, rather than by language'', Am J Hum Genet. 2000 Dec;67(6):1376-81. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref><ref>{{Citar web |url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=15069642 |título=O. Semino et al. (2004), ''Origin, diffusion, and differentiation of Y-chromosome haplogroups E and J: inferences on the neolithization of Europe and later migratory events in the Mediterranean area'', Am J Hum Genet. 2004 May;74(5):1023-34. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref><ref>{{Citar web |url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=12927125&dopt=Abstract |título=F. Di Giacomo et al. (2003), ''Clinal patterns of human Y chromosomal diversity in continental Italy and Greece are dominated by drift and founder effects'', Mol Phylogenet Evol. 2003 Sep;28(3):387-95. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref><ref>{{Citar web |url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11254456 |título=E. Bosch et al. (2001), ''High-Resolution Analysis of Human Y-Chromosome Variation Shows a Sharp Discontinuity and Limited Gene Flow between Northwestern Africa and the Iberian Peninsula'', Am J Hum Genet. 2001 Apr;68(4):1019-29. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref>
A explicação provável para a existência de linhagens subsarianas em Portugal é a escravatura moderna ([[Século XV|séculos XV]] a [[Século XVIII|XVIII]]), o que se torna ainda mais lógico quando essas linhagens sejam mais frequentes nas ilhas que foram povoadas nesse periodo, os arquipélagos dos [[Açores]]<ref>{{Citar web |url=http://muse.jhu.edu/login?uri=/journals/human_biology/v077/77.2fernando.pdf |título=Olga Fernando et al. (2005), ''Peopling of the Azores Islands (Portugal): Data from the Y Chromosome'', Human Biology, vol. 77, n. 2, pp. 189-199. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref><ref>{{Citar web |url=http://www.citeulike.org/user/Archaeogenetics/article/1728623 |título=Domingos Neto et al. (2007), ''The African contribution to the present-day population of the Azores Islands (Portugal): Analysis of the Y chromosome haplogroup E'', Am J Hum Biol (21 August 2007). |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref><ref>{{Citar web |url=http://www.citeulike.org/user/azoresdna/article/512188 |título=C Santos et al. (2003), ''Genetic structure and origin of peopling in the Azores islands (Portugal): the view from mtDNA'', Ann Hum Genet, Vol. 67, No. Pt 5. (September 2003), pp. 433-456. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref> e da [[Ilha da Madeira|Madeira]],<ref>{{Citar web |url=http://www.ingentaconnect.com/content/bsc/ahg/2005/00000069/00000004/art00009 |título=Rita Gonçalves et al. (2005), ''Y-chromosome Lineages from Portugal, Madeira and Açores Record Elements of Sephardim and Berber Ancestry'', Annals of Human Genetics, Volume 69, Number 4, July 2005 , pp. 443-454(12). |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref><ref>{{Citar web |url=http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B7581-4JSBXBX-19&_user=10&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=db339c0d64769e5bd729b79bcf464434 |título=Ana T. Fernandes et al. (2006), ''Analysis of Y-chromosome and mtDNA variability in the Madeira Archipelago population'', International Congress Series, Volume 1288, April 2006, pp. 94-96. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref><ref>{{Citar web |url=http://www.springerlink.com/content/5rp512e7jux8bcd7/ |título=António Brehm et al. (2003), ''Mitochondrial portraits of the Madeira and Açores archipelagos witness different genetic pools of its settlers'', Human Genetics, vol. 114, n. 1, pp. 77-86. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref> que, mesmo assim, não apresentam grandes diferenças com [[Portugal Continental]], de onde a maioria das linhagens genéticas provém (particularmente do [[Região Norte (Portugal)|Norte]]<ref>{{Citar web |url=http://www.ceha-madeira.net/livros/infante.html |título=Alberto Vieira, ''O Infante e a Madeira: dúvidas e certezas, Centro Estudos História Atlântico. |língua= |autor= |obra= |data= |acessodata=}}</ref>), nem em relação às distribuições típicas da maioria das populações da [[Europa Ocidental]].
== A estrutura genética da população portuguesa ==
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