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Em [[biologia]], '''filogenia''' (ou filogênese) é o estudo da relação evolutiva entre grupos de organismos (por exemplo, [[espécie]]s, [[população|populações]]), que é descoberto por meio de sequenciamento de dados moleculares e matrizes de dados [[morfologia (biologia)|morfológicos]]. O termo ''filogenética'' deriva do termos grego ''File'' (φυλή) e ''Filon'' (φῦλον), denotando "[[tribo]]" e "[[raça]]",<ref>{{cite book|last=Liddell|first=Henry George|title=A Greek-English lexicon|year=1901|publisher=Clarendon Press|location=Oxford|pages=1698|url=http://www.archive.org/stream/greekenglishlex00lidduoft#page/304/mode/2up|coauthors=Robert Scott}}</ref> e o termo ''genético'' (γενετικός), denotando "em relação ao nascimento", da gênese (γένεσις) "origem" ou "nascimento".<ref>{{cite book|last=Liddell|first=Henry George|title=A Greek-English lexicon|year=1901|publisher=Clarendon Press|location=Oxford|pages=305|url=http://www.archive.org/stream/greekenglishlex00lidduoft#page/1698/mode/2up|coauthors=Robert Scott}}</ref> O resultado dos estudos filogenéticos é a história evolutiva dos grupos [[Taxonomia|taxonômicos]], ou seja sua filogenia.<ref>{{cite web| title=phylogeny| publisher=Biology online| url=http://www.biology-online.org/dictionary/Phylogeny| accessdate=2012, August}}</ref>
[[Taxonomia]], a classificação, identificação e designação dos organismos, é ricamente baseada em informações da filogenia, mas são metodologicamente distintas.<ref>{{cite book |authorlink1=A. W. F. Edwards |author1=Edwards AWF |authorlink2=Luigi Luca Cavalli-Sforza |author2=Cavalli-Sforza LL |quote=Phylogenetics is that branch of life science, which deals with the study of evolutionary relation among various groups of organisms, through molecular sequencing data. |year=1964 |chapter=Reconstruction of evolutionary trees |editor1-first=Vernon Hilton |editor1-last=Heywood |editor2-first=J. |editor2-last=McNeill |title=Phenetic and Phylogenetic Classification |pages=67–76 |oclc=733025912}}</ref> Os campos de filogenia com sobreposição na [[taxonomia]] forma a sistemática filogenética - Uma metodologia [[cladística]] com características derivadas ([[sinapomorfia]]s) usadas para encontrar o ancestral descendente na árvore ([[cladograma]]s e delimitam o [[taxon]] ([[clado]]s).<ref>{{cite web
| last = Speer
| first = Vrian
| title = UCMP Glossary: Phylogenetics
| publisher = UC Berkeley
| year = 1998
| url = http://www.ucmp.berkeley.edu/glossary/glossary_1.html
| accessdate =22 March 2008}}</ref><ref>E.O. Wiley, D. Siegel-Causey, D.R. Brooks, V.A. Funk. 1991. ''The Compleat Cladist: A Primer of Phylogenetic Procedures.'' Univ. Kansas Mus. Nat. Hist. (Lawrence, KS), Spec. Publ. No 19 online at [http://www.archive.org/stream/compleatcladistp00wile#page/n5/mode/2up Internet Archive]</ref> Na [[sistemática]] biológica como um todo, as análises ''filogenéticas'' tornaram-se essenciais na pesquisa da árvore evolucionária da vida.
== Construção de uma árvore filogenética ==
A evolução é considerada um processo de ramificação, onde as populações são alteradas ao longo do tempo e formam [[especiação]] em ramificações separadas, [[Híbrido (biologia)|hibridizam]] juntas ou termina em [[extinção]]. Isto pode ser visualizado em uma [[árvore filogenética]].
O problema da '''filogenia''' é que os dados genéticos estão disponíveis apenas para [[taxon]]s vivos e nos registros fósseis (dados osteometricos) contendo poucos dados e características [[Morfologia (biologia)|morfológicas]] ambíguas.<ref>{{cite journal |first1=L. L. |last1=Cavalli-Sforza |first2=A. W. F. |last2=Edwards |year=1967 |title=Phylogenetic Analysis: Models and Estimation Procedures |journal=Evolution |volume=21 |issue=3 |pages=550–70 |jstor=2406616 |doi=10.2307/2406616}}</ref> Uma [[árvore filogenética]] representa uma [[hipótese]] da ordem dos eventos evolucionários ocorridos.
[[Cladística]] é o atual método de escolha para inferir árvores filogenéticas. Os [[Filogenética computacional|métodos]] mais comumente usados para inferir '''filogenias''' incluem [[máxima parcimônia]], semelhanças e '''MCMC''' baseada em [[inferência bayesiana]]. [[Fenética]], popular no século XX, mas agora em grande parte obsoleto, usa [[Matriz de distâncias]] baseados em métodos para a construção de árvores baseadas em semelhanças globais, que muitas vezes assumem relações filogenéticas aproximadas. Todos os métodos dependem de um modelo matemático explícito ou implícito que descreve a evolução das características observadas nas espécies e são normalmente utilizados pela [[Filogenética molecular]], no qual os caracteres são alinhadas em sequências de [[nucleótido]]s ou [[aminoácido]]s.
== Agrupamento de organismos ==
[[Imagem:Phylogenetic-Groups.svg|thumb|esquerda|300px|Grupos filogenéticos, ou [[taxon|táxons]], podem ser [[monofilético|monofiléticos]], [[parafilético|parafiléticos]] ou [[polifilético|polifiléticos]].]]
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