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Alguns estudos [[Genética|genéticos]], baseados em [[Amostra (estatística)|amostras]] populacionais muito reduzidas, começaram a fornecer indícios sobre as origens do povo filipino. Muito ainda precisa ser descoberto para estudos mais amplos de [[significância estatística]] válida sobre a ancestralidade dos diversos grupos étnicos austronésios das [[Filipinas]].
 
Um estudo da [[Stanford University]] realizado em [[2001]] revelou que o [[Haplogrupo O3 do cromossoma Y humano|haplogrupo O3]]-M122 do [[cromossoma Y]] humano (chamado de "haplogrupo L" neste estudo) é predominante nos filipinos do sexo masculino. Este haplogrupo, em particular, também é predominante entre os [[chineses]] e os [[coreanos]] do sexosexu masculino. Esta descoberta é consistente com a teoria de que estes povos teriam migrado da [[China]] para as Filipinas. Outro haplogrupo, o [[Haplogrupo O1 do cromossoma Y humano|haplogrupo O1a]]-M119 (chamado de "haplogrupo H" neste estudo) também é encontrado entre os filipinos. A frequência do haplogrupo O1a é mais alta entre os [[arborígenes de Taiwan]]. No total, as frequências genéticas encontradas entre os filipinos apontam para a tribo [[Povo ami|ami]] de [[Taiwan]] como o seu parente mais próximo, geneticamente.<ref name="Capelli2001"/>
 
Um estudo de [[2002]] da [[Universidade Médica da China]] indicou que certos filipinos possuem determinada característica genética que também é encontrada entre os arborígenes de Taiwan e os [[indonésios]], comcluindo que os arborígenes teriam origem austronésia.<ref>{{cite web |url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=11916003&query_hl=15&itool=pubmed_DocSum |title=Molecular analysis of mutations and polymorphisms of the Lewis secretor type alpha(1,2)-fucosyltransferase gene reveals that Taiwan aborigines are of Austronesian derivation |author=Chang JG, Ko YC, Lee JC, Chang SJ, Liu TC, Shih MC, Peng CT |publisher=Journal of Human Genetics}}</ref>