Após um show local D'arcy ouviu [[Billy Corgan]] criticando a banda que havia se apresentado. Os dois começaram a discutir, com D'arcy chamando Billy de "um babaca pretensioso". Ele então a chamou para entrar em sua banda, [[The Smashing Pumpkins]], que na época contava com [[James Iha]]. D'arcy aceitou e meses depois, [[Jimmy Chamberlin]] completou a banda.
Wretzky levou os créditos por ter tocado baixo nos cinco primeiros álbuns da banda: ''[[Gish]]'' (1991), ''[[Siamese Dream]]'' (1993), ''[[Mellon Collie and the Infinite Sadness]]'' (1995), ''[[Adore]]'' (1998) e ''[[Machina/The Machines of God]]'' (2000). Foi confirmado por Billy e D'arcy, no entanto, que esta não tocou o baixo em "Siamese Dream". Durante a carreira do Smashing Pumpkins, D'arcyWretzky contribuiu nos vocais em "Daydream", a grande maioria das faixas do Siamese Dream, "1979"; "Cupid de Locke"; "Farewell and Goodnight"; "Beautiful"; "Where Boys Fear To Tread"; "Dreaming" e "The Bells". Ela também compôs "Daughter" em 1989, junto a Billy Corgan. Em 1996, produziu o álbum ''[[The Aeroplane Flies High]]''.
Os membros da banda descreveram o período de D'arcy como "felizes e desconfortáveis". Billy Corgan a descreveu como "a autoridade moral da banda". Em 2000, ela foi substituída por [[Melissa Auf der Maur]], ex-baixista do [[Hole]] e desapareceu da mídia. Ela não se juntou a reunião do Smashing Pumpkins em 2008. Em 2012, Billy Corgan afirmou que a convidou e que o seu convite foi negado, mas que não tinha problemas com a mesma, e que sentia muito por seus problemas pessoais.