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O [[mecanismo]] exacto pelo qual o formaldeído exerce seus efeitos irritantes, [[corrosivo|corrosivos]] e [[citotoxicidade]] não é conhecido.
Sabe-se que o formaldeído pode formar ligações cruzadas entre [[proteínas]] e [[DNA]] [[in vivo]].<ref>
Casanova-Schmitz M, Heck H. 1983. Effects of formaldehyde exposure on the extractability of DNA from proteins in the rat nasal mucosa. Toxicol Appl Pharmacol 70:121-132.</ref>, '''(QUEM RELATOU?????????)''' relatou que a via predominante do metabolismo do formaldeído foi a incorporação metabólica em [[macromoléculas]] (DNA, RNA e proteínas) na mucosa respiratória, olfactiva e [[medula óssea]] de ratos machos.
Sabe-se que o formaldeído facilmente se combina com grupos amino de aminoácidos não protonados e livres para a produção de derivados hidroximetil aminoácido e um protão (H +), que se acredita estar relacionado às suas propriedades [[germicida|germicidas]].
Em maiores concentrações é capaz de precipitar proteínas.<ref>Loomis TA. 1979. Formaldehyde toxicity. Arch Pathol Lab Med 103:321-324.</ref> Qualquer uma dessas propriedades mecânicas, ou talvez outras propriedades desconhecidas podem ser responsáveis pelos efeitos de irritação por exposição ao formaldeído. É provável que a toxicidade do formaldeído ocorra quando os níveis intracelulares saturam a actividade da desidrogenase formaldeído, oprimindo a protecção natural contra o formol, permitindo assim que a molécula não metabolizada intacta possa exercer seus efeitos localmente. O metabolito primário do formaldeído ([[formato]]) não deverá ser tão reactivo como o próprio formaldeído e está sujeito à excreção como um sal na [[urina]], ou ainda para o metabolismo de carbono em dióxido de carbono.