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A posição filogenética tradicional da família Mystaceae no sistema taxonómico é na divisão [[Magnoliophyta]], incluída na classe [[Magnoliopsida]] na qual constitui a ordem [[Myrtales]], posição que manteve no [[sistema APG III]] de 2009,<ref>{{citar periódico|ultimo=|primeiro=|titulo=Angiosperm Phylogeny Website|jornal=Angiosperm Phylogeny Website, version 13|doi=|url=http://www.mobot.org/MOBOT/research/APweb/|acessadoem=22 de janeiro de 2017|idioma=inglês}}</ref> confirmada no [[sistema APG IV]] de 2016.
 
É uma das famílias mais complexas do ponto de vista taxonómico, tanto pelo número de espécies como pela escassez de estudos de [[biologia molecular]] capazes de esclarecer as relações filogenéticas internas e externa do agrupamento. A posição do agrupamento [[Myrtales]] dentro dos [[rosídeo]]s foi considerada instável face aos resultados de uma análise de [[rbcL]] de todas as angiospermas.<ref>Hilu et al., 2003.</ref> No entanto, esses estudos oferecem algum suporte para considerar a família, na sua presente [[circunscrição taxonómica]] como o [[grupo irmãirmão]] de todos os outros rosídeos, excepto [[Geraniales]], [[Vitales]] e [[Saxifragales]]. Contudo, outros estudos sugerem que será um [[grupo irmão]] de [[Geraniales]],<ref>Wang ''et al.'' (2009).</ref>, sendo o agrupamento combinado grupo irmão de todos os outros [[malvídeos]].
 
Por outro lado, a posição de [[Combretaceae]] parece ainda não ser clara, embora existam dados que dão pelo menos algum apoio para uma posição de grupo irmão do agrupamento [[[Onagraceae]] + [[Lythraceae]]]. Alguns aspectos da anatomia (cavidades revestidas), algumas características morfológicas (tipo de folha geral e inserção) e dados moleculares sugerem fortemente que a família [[Vochysiaceae]] deve ser incluída em Myrtales, mas à primeira vista as flores espontâneas monossimétricas distintivas dessa família são bastante diferentes das do resto da ordem.<ref>{{citar periódico|ultimo=|primeiro=|titulo=Myrtales|jornal=Missouri Botanical Garden|doi=|url=http://www.mobot.org/mobot/research/apweb/orders/myrtalesweb2.htm|acessadoem=Visitado em 20 de Janeiro de 2017}}</ref>