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A divisão clássica das Myrtaceae em Leptospermoideae e Myrtoideae foi posta em causa por muitos autores,<ref>Johnson & Briggs (1984).</ref> que identificaram pelo menos 14 tribos ou [[clade]]s entre as Myrtaceae e provaram que na acepção clássica o agrupamento Myrtoideae era [[polifilético]]. Estudos de [[biologia molecular]] realizados por diversos autores mostraram, pelo menos desde 2008, que nesta família os frutos carnosos evoluíram pelo menos duas vezes a partir de frutos capsulares, e que como tal a classificação clássica em duas subfamílias não retrata com fidelidade a [[Filogenia|história filogenética]] (ou evolucionária) da família.<ref>Wilson et al. (2001).</ref>
 
Os géneros ''[[Heteropyxis]]'' e ''[[PsiloxylonPsiloxylum]]'' foram tratados como famílias autónomas por muitos autores, considerados então como as famílias [[Heteropyxidaceae]] e [[Psiloxylaceae]].<ref>Sytsma, Kenneth J. and Amy Litt. 2002. Tropical disjunctions in and among the Myrtaceae clade (Myrtaceae, Heteropyxidaceae, Psiloxylaceae, Vochysiaceae): Gondwanan vicariance or dispersal? (Abstract). Botany 2002 Conference, University of Wisconsin, Madison, Wisconsin, August 4–7, 2002.</ref><ref>[[Lawrence Alexander Sidney Johnson|Johnson, L.A.S.]] and Briggs, B.G. 1984. Myrtales and Myrtaceae – a phylogenetic analysis. ''Annals of the Missouri Botanic Garden'' 71: 700-756.</ref> Contudo, estudos mais recentes<ref>Wilson, Peter G., O'Brien, Marcelle M., Gadek, Paul A., and Quinn, Christopher J. 2001. "Myrtaceae Revisited: A Reassessment of Infrafamilial Groups". ''[[American Journal of Botany]]'' 88 (11): 2013–2025. Available [http://www.amjbot.org/cgi/reprint/88/11/2013.pdf online] (pdf file).</ref> demonstram que estes géneros devem ser incluídos na família, acreditando-se que representem as mais antigas [[linhagem|linhagens]] [[extante]]s de Myrtaceae.
 
As mais recentes classificações reconhecem 17 tribos e duas subfamílias, as [[Myrtoideae]] e as [[Psiloxyloideae]], com base na análise filogenética do [[ADN]] dos [[plastídeo]]s.<ref>Wilson, P.G., O’Brien, M.M., Heslewood, M.M., Quinn, C.J. 2005. Relationships within Myrtaceae sensu lato based on a matK phylogeny. ''[[Plant Systematics and Evolution]]'' 251: 3–19.</ref>
* ''[[Pseudomyrcianthes]]''
* ''[[Psidium]]''
* ''[[PsiloxylonPsiloxylum]]''
* ''[[Purpureostemon]]''
* ''[[Regelia]]''