O ISEG confere o grau de doutor nas áreas científicas da Economia, da Gestão, da Matemática Aplicada à Economia e Gestão, da História Económica e Social e da Sociologia Económica e das Organizações. De acordo com a legislação nacional, o regulamento de doutoramentos da UTL e o regulamento de doutoramentos do ISEG, a concessão do grau de doutor atesta o elevado nível científico e cultural do candidato e a capacidade de realização de trabalho de investigação científica autónomo e implica:
* Economia
# Aprovação nas disciplinas de um percurso escolar estabelecido pelo ''Conselho Científico do ISEG'', sob proposta de um júri de candidatura constituído por três professores da respectiva área científica.
* Gestão
# Elaboração de uma dissertação original sob a supervisão de um orientador nomeado pelo ''Conselho Científico do ISEG''.
* História Económica e Social
# Apresentação do trabalho em curso para elaboração da dissertação em seminários de doutoramento.
* Matemática Aplicada à Economia e Gestão
# Defesa da versão final da dissertação perante um júri nomeado pelo Reitor da UTL sob proposta do ''Conselho Científico do ISEG''.
