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As espécies que integram as Eupomatiaceae foram sempre correctamente associadas, desde a sua descrição, com [[Annonaceae]], com as quais partilham semelhanças morfológicas, e com elas foram incluídas na ordem [[Magnoliales]]. O APW (Angiosperm Phylogeny Website) considera que as Eupomatiaceae são o [[grupo irmão]] da família [[Annonaceae]] no [[clade]] terminal da evolução da ordem.<ref>[http://www.mobot.org/MOBOT/Research/APweb/welcome.html AP-website].</ref>
 
A [[monofilia]] e posição sistemática inter-familiar das Eupomatiaceae está bem suportada por uma combinação de evidências de natureza [[Morfologia (biologia)|morfológica]] e [[filogenética molecular|molecular]].<ref name="Doyle 2004">{{Cite journal |author = Doyle, J.A. |author2=H. Sauquet |author3=T. Scharaschkin | year = 2004 | title = Phylogeny, molecular and fossil dating, and biogeographic history of Annonaceae and Myristicaceae (Magnoliales) | journal = International Journal of Plant Sciences | volume = 165 | issue = 4 | pages = 55–67 |doi = 10.1086/421068}}</ref> A partir do [[sistema APG II]] as Annonaceae foram colocadas entre as Magnoliid como parentes próximos das [[Eupomatiaceae]]. No [[sistema de classificação APG IV]], do [[APG]] (''Angiosperm Phylogeny Group''), o grupo é considerado uma família avançada da ordem [[Magnoliales]] e grupo irmão da família [[Annonaceae]].<ref name = APG>[http://www.mobot.org/MOBOT/Research/APweb/welcome.html APG-website (requer busca)].</ref> O seguinte [[cladograma]] mostra a posição da família Eupomatiaceae entre as [[Magnoliidae]]:
 
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