Marcador genético: diferenças entre revisões
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Os marcadores moleculares correspondem, basicamente, a uma sequência de nucleotídeos que atua como referência em um cromossomo. O surgimento de novas técnicas de biologia molecular permitiu a utilização de marcadores genéticos capazes de detectar polimorfismos a níveis de DNA. Através da tecnologia dos marcadores moleculares a caracterização genética de diferentes genomas se tornou mais fácil e rápida, e com isso foram surgindo diversas metodologias capazes de utilizar e caracterizar alterações nesses marcadores.
Abaixo, segue uma lista com os principais tipos de marcadores moleculares genômicos:
*'''RFLP''' (''Restriction fragment lenght polymorphism''): são fragmentos de DNA obtidos a partir de uma técnica que consiste na hibridização de sequências específicas de DNA, denominadas sondas, com o DNA total digerido por enzimas de restrição dos indivíduos a serem analisados. As principais vantagens desta técnica são codominância de marcadores e sua alta reprodutibilidade. No entanto, a técnica de hibridização é mais laboriosa e mais cara quando comparada a outras técnicas, além de depender de uma grande quantidade de DNA e da qualidade do material a ser analisado (Faleiro, 2007).
*'''Microssatélites''' (SSRP – ''Simple Sequence Repeats Polymorphisms''): um grupo de marcadores molecular muito utilizados, os quais são caracterizados por unidades muito curtas de sequências repetitivas de nucleotídeos. A obtenção dos marcadores envolve a amplificação de sequências que flanqueiam essas regiões repetidas via PCR, utilizando-se de iniciadores específicos para as regiões que cercam os microssatélites. Eles são altamente polimórficos e amplamente utilizados para estudos relacionados à ancestralidade devido a sua alta reprodutibilidade e fácil execução. Em contrapartida, o desenvolvimento de iniciadores específicos possui alto custo, quando eles não estão descritos para determinada espécie (Faleiro, 2007).
*'''RAPD''' (''Random Amplified Polymorphic DNA''): são fragmentos de DNA amplificados ao acaso pela PCR utilizando iniciadores curtos de sequência aleatória (Williams, 1990). As vantagens desta técnica são a simplicidade, baixo custo e rapidez para obtenção dos marcadores, a necessidade de quantidades mínimas de DNA, além da possibilidade de trabalhar com qualquer espécie, uma vez que não há necessidade de uma biblioteca de sondas para o desenvolvimento da técnica. Entretanto, a técnica detecta polimorfismo em apenas um par de bases, não diferenciando locos em heterozigose dos locos em homozigose e possui baixa reprodutibilidade, principalmente quando as condições experimentais não estão bem padronizadas (Faleiro, 2007).
*'''SNPs''' (''single nucleotide polymorphism''): são marcadores moleculares capazes de detectar mutações e polimorfismos através de alterações de uma única base no genoma. Podem ser caracterizados como marcadores moleculares quando ocorrem em mais de 1% da população, pois quando essas variações são relatadas com uma frequência menor que este valor, então é considerado apenas como mutações pontuais. Os polimorfismos de sequência nucleotídica são fontes abundantes de variação genética e, por serem estáveis do ponto de vista evolutivo, estes marcadores são muito interessantes para estudos filogenéticos de evolução dentro da espécie. A principal vantagem dos SNPs, em comparação a outros marcadores, é a possibilidade de detecção de diferentes alelos para genes de interesses. No entanto, a técnica envolvida exige um alto custo nas etapas necessárias ao sequenciamento dos diferentes fragmentos do DNA de interesse, feito em grande escala (Faleiro
*'''AFLP''' (''Amplified Fragment Lenght Polymorphism''): Através de digestão com enzimas de restrição do DNA, são formados fragmentos que podem medir de 80 a 500 pares de base. Esta técnica se baseia na ligação destes fragmentos à oligonucleotídeos adaptadores que, posteriomente, são amplificados em uma reação de PCR. As AFLPs são capazes de geral um grande número de polimorfismospor reação, sendo assim muito vantajoso em relação ao RFLP, por exemplo. Porém, esta tecnologia apresenta custo muito elevado e é tecnicamente é bem trabalhoso, devido ao grande número de etapas e reagentes utilizados (Faleiro et al., 2001).
*'''CAPS''' (''Cleaved Amplified Polymorphic Sequence''): São fragmentos de DNA obtidos a partir de uma reação de PCR utilizando primers específicos, seguida por uma digestão com enzimas de restrição, sendo também chamado de PCR-RFLP (Hela et al., 2004). Devido sua tecnologia de abordagem, esta técnica se mostrou muito vantajosa para análises de codominância, além de apresentar alta reprodutibilidade. Porém, para que seja realizada esta técnica é necessário que a sequência de DNA seja previamente conhecida, pois necessita de primers específicos (Faleiro, 2007).
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