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Os '''Protozoários''' foram classificados por Goldfuss em 1818 como um filo, Protozoa pertencente ao [[Animalia|Reino Animal]]. Goldfuss descreveu os protozoários como sendo [[micro-organismo]]s [[unicelular]]es [[Heterotrofismo|heterotróficos]], semelhantes a animais, o antigo reino Protozoa (do [[língua grega|grego]] '''Proto''' que em português significa primeiro) e ('''Zoa''' ou ''zoo'' que em português significa animal ou animais) portanto o termo protozoário "em português" significa literalmente "os primeiros animais" e devido a isso foram classificados no ''Filo Protozoa'' como se fossem "animais microscópicos" e por conseguinte estavam incluídos no Reino Animal.
 
Antigamente referia-se ao Filo dos Protozoários. Atualmente o termo protozoário tem sido empregado como uma designação coletiva, sem valor taxonômico. Os antigos Subfilos passaram a ser os atuais Filos. Na nova classificação, o antigo filo Protozoa foi eliminado do Reino Animal e, seus antigos subfilos, subfilo Plasmodroma e subfilo Ciliophora, atualmente são classificados como filos Plasmodroma e o Ciliophora pertencentes ao reino Protista. As algas unicelulares, crisófitas, euglenófitas e pirrófitas que antigamente estavam classificadas no Reino Vegetal, saíram do Reino Vegetal e passaram a ser classificadas também como integrantes do Reino Protista junto com os protozoários.
 
A classificação dos protozoários é feita com base nas estruturas de locomoção que apresentam e devido a muitas semelhanças com as estruturas de locomoção das algas unicelulares, todos esses micro-organismos muito semelhantes e que apresentam características mistas tanto de animais quanto de vegetais, saíram dos Reino Animal e do Reino Vegetal e foram todos eles reunidos no Reino Protista. Para evitar confusões, mantemos o uso dos termos "Filos para protozoários" e "Divisões para algas unicelulares" da mesma forma como estavam classificados antes, na [[botânica]] e na [[zoologia]].
As classes de micro-organismos anteriormente classificadas como [[alga]]s mas que agora se encontram no Reino Protista são todas [[eucarionte]]s e unicelulares. As únicas algas [[procarionte]]s são as [[Cianófitas|cianofíceas]] mas essas agora são classificadas como [[bactéria]]s do Reino Monera.
 
As verdadeiras [[alga]]s, ''Feófitas'' (algas pardas), ''Rodófitas'' (algas vermelhas) e ''Clorófitas'' (algas verdes), que são seres protistas pluricelulares, formados por verdadeiros tecidos vegetais com bilhões de células intimamente ligadas umas às outras, estas não estão contidas no Reino Vegetal e são consideradas como protistas.
 
==Características==