Em 587, após a captura do general Casto pelos [[ávaros eurasianos|ávaros]], foi enviado à Trácia com [[Droctulfo]] como comandante de um novo exército. João conseguiu levantar o cerco ávaro a [[Adrianópolis]] depois de derrotá-los numa batalha, mas se recusou a persegui-los. Em 589, estava de volta ao comando na Armênia como mestre dos soldados, um posto que deteve até uns poucos anos depois da paz de 591 com a Pérsia, quando foi substituído por {{lknb|Heráclio,|o Velho}}, pai do futuro imperador [[Heráclio]] {{nwrap|r.|610|641}}. Segundo [[Sebeos]], por esta época ele foi elevado ao prestigioso estatuto de [[patrício]].<ref name=Martin680 />
Em 589, cercou a capital armênia de [[DvinDúbio]], mas abandonou-o ao saber da rebelião do general [[Vararanes VI|Baram Chobim]] contra o [[xá sassânida|xá]] {{lknb|Hormisda|IV}} {{nwrap|r.|579|590}}. Aproveitando-se da [[Guerra civil sassânida de 589-591|guerra civil]], atacou a região do [[Azerbaijão iraniano|Azerbaijão]] e capturou uma grande quantidade de espólios e escravos. No outono de 590, recebeu notícias da situação na Pérsia de [[Bindoes]] e enviou-as ao imperador. Ele recebeu ordens de Maurício para se unir a [[Narses (general sob Maurício)|Narses]] e ajudar a restaurar o legítimo {{lknb|Cosroes|II}} {{nwrap|r.|590|628}} ao trono. No verão de 591, deixou a Armênia com as tropas locais e uniu-se a Narses contra Baram. Ele liderou as tropas armênias na decisiva [[Batalha de Blaratão]] na qual as forças de João e Narses e os persas sob Cosroes derrotaram Baram e asseguraram o trono persa para Cosroes.{{harvref|Martindale|1992|p=680–681}} Apesar de ter ajudado Cosroes, as fontes afirmam que João questionava sua aptidão para ser rei.{{harvref|Martindale|1992|p=681}}
