O clube foi fundadafundado em 28 de fevereiro de 1941 em [[Bogotá]] e em 1948 conquistou o primeiro campeonato nacional<ref>{{citar web|URL=http://independientesantafe.co/2015/02/28-febrero-1941-es-fundado-independiente-santa-fe/|título="28 Febrero 1941: Es fundado Independiente Santa Fe"|autor=|data=|publicado=Independiente Santa Fé|acessodata=5 de janeiro de 2016|língua2=es|wayb=20160105195923}}</ref>.
