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Embora, a distinção de procariontes e eucariontes seja creditada a uma publicação de [[Eduard Chatton]], em 1925 (apesar dele não enfatizar esta distinção mais do que outros biólogos de seu tempo), ela não foi notada até 1982.<ref name="sapp"/> Barkley, em 1939, criou o reino Monera dividindo-o entre arqueófitas (Archeophyta), hoje chamadas de [[Cyanobacteria]], e esquizófitas (Schizophyta), um termo que foi muito usado pelos botânicos para se referir as bactérias. [[Roger Stanier]] e C. B. van Niel acreditavam que as bactérias (termo que na época não incluía as [[cianobactéria]]s) e as algas cianofíceas tinham uma única origem, uma convicção que culminou no trabalho de Stainer de 1970, “Eu penso que é agora muito evidente que algas azuis-esverdeadas não são distinguíveis das bactérias por nenhuma característica fundamental em sua organização celular”.<ref>Roger Stanier to Peter Raven, 5 November 1970, National Archives of Canada, MG 31, accession J35, vol. 6, as quoted in Sapp, 2005</ref> Outros pesquisadores, como [[Ernst Pringsheim Jr.]], em 1949, suspeitavam de origens distintas para bactérias e algas cianofíceas. Em 1974, o ''[[Bergey's Manual]]'' publicou uma nova edição cunhando o termo cianobactéria para se referir as então algas cianofíceas ou algas azuis, marcando a aceitação deste grupo dentro dos Monera.<ref name="sapp">{{citar periódico|título= The Prokaryote-Eukaryote Dichotomy: Meanings and Mythology |autor = Jan Sapp | url = http://mmbr.asm.org/cgi/content/full/69/2/292 |periódico= Microbiology and Molecular Biology Reviews |data=junho de 2005 |páginas= 292–305 | volume = 69 |número= 2 | doi = 10.1128/MMBR.69.2.292-305.2005 | pmid = 15944457}}</ref>
 
Em 1969, [[Robert Whittaker]], publicou o sistema de cinco reinos para a classificação dos seres vivos.<ref name="Whittaker1969Whittaker1969a">{{citar periódico|autor = Robert Whittaker |data= 1969 |título= New concepts of kingdoms or organisms. Evolutionary relations are better represented by new classifications than by the traditional two kingdoms |periódico= Science | volume = 163 |páginas= 150–160 | pmid = 5762760 | doi = 10.1126/science.163.3863.150}}</ref> O sistema de Whittaker colocou quase todos os seres unicelulares ou no grupo procarionte Monera ou no grupo eucarionte [[Protista]]. Whittaker, entretanto, não acreditava que todos os seus reinos fossem [[Monofilia|monofiléticos]].<ref name="sapp"/>
 
Em 1977, [[Carl Woese]] e [[George Fox]] demonstram que as arqueas (inicialmente chamadas de arquebactérias) e bactérias não aparentam ser mais próximos um do outro do que dos [[Eukaryota|eucariontes]]. Ificialmente muito controversa, a hipótese tem sido bem aceita, e o antigo reino Monera foi substituído pelos reinos [[Eubacteria]] e [[Archaea]].<ref name="sapp"/> Estes dois grupos podem ainda ser tratados como sub-reinos, mas a maioria dos novos esquemas taxonômicos tendem a tratar '''Bacteria''' ("Eubacteria") e '''Archaea''' como domínios e/ou reinos distintos.
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