O clube foi fundado em 28 de fevereiro de 1941 em [[Bogotá]] e em 1948 conquistou o primeiro campeonato nacional<ref>{{citar web|URL=http://independientesantafe.co/2015/02/28-febrero-1941-es-fundado-independiente-santa-fe/|título="28 Febrero 1941: Es fundado Independiente Santa Fe"|autor=|data=|publicado=Independiente Santa Fé|acessodata=5 de janeiro de 2016|língua2=es|wayb=20160105195923}}</ref>.
No futebol colombiano, assim como [[Club Atlético Nacional S.A.|Atlético Nacional]] e [[Millonarios]], o Santa Fe esteve presente em todas as temporadas da principal divisão.<ref>{{Citar web|titulo = Saiba quais times nunca foram rebaixados na América do Sul|url = http://m.lance.com.br/invisible/saiba-quais-times-nunca-foram-rebaixados-america-sul.html|website = m.lance.com.br|acessodata = 2018-03-01}}</ref>
O Independiente Santa Fe levouLevou o título da [[Copa Sul-Americana de 2015|Copa Sul Americana de 2015]] nos pênaltis, após empate por 0 a 0 no tempo normal – e prorrogação –, em partida em Bogotá, contra o argentino {{Futebol Huracán}}, no estádio El Campín. É o primeiro caneco internacional da equipe. Mais do que isso, é o primeiro da Colômbia na [[Copa Sul-Americana]].<ref>{{citar web|url=http://esporte.uol.com.br/futebol/ultimas-noticias/2015/12/10/santa-fe-bate-huracan-nos-penaltis-e-conquista-titulo-da-copa-sul-americana.htm|título=Santa Fe bate Huracán nos pênaltis e conquista título da Copa Sul-Americana|data=10 de dezembro de 2015|publicado=UOL Esporte|acessodata=10 de dezembro de 2015}}</ref>
