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Seu habitat varia desde a zona costeira até profundidades de mais de 6000 metros. São encontradas no mundo inteiro, desde as águas polares até as regiões tropicais. Não existe representante terrestre conhecido desses animais.
 
Esponjas adultas são [[séssil|sésseis]]. No entanto, foi observado que certas esponjas podem se mover direcionando sua circulação na água com os [[miócito]]s, numa certa direção. Um maior número de esponjas pode ser encontrado em lugares que oferecem um sedimento firme, como um fundo de rochas. Algumas esponjas são capazes de aderirem a si mesmas em fundos de sedimentos moles, usando uma base semelhante a uma raiz. Esponjas também costumam viver em águas claras e tranquilas, pois se uma onda ou a ação das correntes levanta o sedimento, os grãos tendem a tapar os poros do animal, diminuindo sua capacidade de se alimentaalimentar e sobreviver.
 
Evidências recentes sugerem que uma nova doença, chamada em [[Língua inglesa|inglês]] de ''Aplysina Red Band Syndrome'' (ARBS), está atacando esponjas no Caribe<ref>[http://www.int-res.com/abstracts/dao/v71/n2/p163-168/ Olson, J. B., D. J. Gochfeld and M. Slattery (2006) "Aplysina red band syndrome: a new threat to Caribbean sponges" na revista científica "Diseases of Aquatic Organisms"] {{en}}</ref>.
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