A criação destes agrupamentos, ao distinguir as plantas com órgãos reprodutores visíveis (as fanerogâmicas) daquelas em que tal não ocorre (as criptogâmicas), abriu caminho para um conjunto de refinamentos, que associados à redefinição do conceito de «[[Plantae|planta]]», com a autonomização das [[alga]]s e [[fungo]]s, conduziu ao presente conceito de espermatófita.
AsPor sua vez, as plantas que produzem [[semente]]s foram tradicionalmente divididas em [[angiospérmicas]], ou plantas com flor, e [[gimnospérmicas]], um grupo heterogéneo que inclui as [[gnetófitas]], as [[Cycadophyta|cicas]], o ''[[ginkgo]]'' e as [[coníferas]]. As classificações filogenéticas de base morfológica propunham uma relação próxima entre as gnetófitas e as angiospérmicas,<ref name="palmer">{{citar periódico| url = http://www.amjbot.org/cgi/content/full/91/10/1437 |título= The plant tree of life: an overview and some points of view |primeiro1 =Jeffrey D. |último1 =Palmer|authorlink1=Jeffrey D. Palmer |primeiro2 =Douglas E. |último2 =Soltis |primeiro3 =Mark W. |último3 =Chase |authorlink3=Mark Wayne Chase |periódico= American Journal of Botany |ano= 2004 | volume = 91 |páginas= 1437–1445 | doi = 10.3732/ajb.91.10.1437 |número=10 | pmid = 21652302}}</ref> em particular devido à presença de [[Elemento de vaso|células vasculares]] (''elementos de vaso''). Contudo, estudos moleculares, bem como alguns estudos morfológicos recentes<ref>{{citar periódico|periódico= The Journal of the Torrey Botanical Society |páginas= 169–209 |título= Seed ferns and the origin of angiosperms |autor = James A. Doyle | volume = 133 |número= 1 |data=janeiro de 2006 | doi = 10.3159/1095-5674(2006)133[169:SFATOO]2.0.CO;2 | issn = 1095-5674 }}</ref> e a descoberte de alguns [[fóssil|fósseis]],<ref>{{citar periódico| url = http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/full/94/2/281 |título= A New Permian Gnetalean Cone as Fossil Evidence for Supporting Current Molecular Phylogeny |autor = Zi-Qiang Wang |periódico= Annals of Botany |ano= 2004 | volume = 94 |número= 2 |páginas= 281–288 | doi = 10.1093/aob/mch138 | pmid = 15229124 | pmc = 4242163 }}</ref> vieram em geral demonstrar a existência de um [[clado]] das [[gimnospérmicas]], com as gnetófitas muito próximas das coníferas, ou mesmo nelas incluídas. Por exemplo, uma proposta de classificação recente, baseada numa relação que aceita a ''hipótese gne-pinhos'', conduz ao seguinte [[cladograma]]:<ref>{{citar periódico|último1 = Chaw |primeiro1 = Shu-Miaw |último2 = Parkinson |primeiro2 = Christopher L. |último3 = Cheng |primeiro3 = Yuchang |último4 = Vincent |primeiro4 = Thomas M. |último5 = Palmer |primeiro5 = Jeffrey D. |authorlink5=Jeffrey D. Palmer|ano= 2000 |título= Seed plant phylogeny inferred from all three plant genomes: Monophyly of extant gymnosperms and origin of Gnetales from conifers | url = http://www.pnas.org/cgi/content/full/97/8/4086 |periódico= Proceedings of the National Academy of Sciences | volume = 97 |número= 8|páginas= 4086–4091 | doi = 10.1073/pnas.97.8.4086 | pmid=10760277 | pmc=18157}}</ref><ref>{{citar periódico|último1 = Bowe |primeiro1 = L. M.|último2 = Michelle |primeiro2 = L. |último3 = Coat |primeiro3 = Gwénaële |último4 = Claude |primeiro4 = |ano= 2000 |título= Phylogeny of seed plants based on all three genomic compartments: Extant gymnosperms are monophyletic and Gnetales' closest relatives are conifers | url = http://www.pnas.org/cgi/content/full/97/8/4092 |periódico= [[Proceedings of the National Academy of Sciences]] | volume = 97 |número= 8|páginas= 4092–4097 | doi = 10.1073/pnas.97.8.4092 | pmid=10760278 | pmc=18159}}</ref><ref>{{citar periódico|último1 = Soltis |primeiro1 = Douglas E. |último2 = Soltis |primeiro2 = Pamela S. |último3 = Zanis |primeiro3 = Michael J. |ano= 2002 |título= Phylogeny of seed plants based on evidence from eight genes | url = http://intl.amjbot.org/cgi/content/full/89/10/1670 |periódico= [[American Journal of Botany]] | volume = 89 |número= 10 |páginas= 1670–1681 | doi = 10.3732/ajb.89.10.1670 | pmid = 21665594 |urlmorta= sim|arquivourl= https://archive.is/20120710153219/http://intl.amjbot.org/cgi/content/full/89/10/1670 |arquivodata= 2012-07-10 | df = }}</ref>
