As instituições municipais eram compostas por um [[alcaide]] que tinha funções administrativas e judiciais, juízes ordinários, vereadores, [[almotacé]]s e os "homens bons". As juntas do povo decidiam sobre diversos assuntos da Capitania.
[[Salvador (Bahia)|Salvador]], fundada em [[1549]], foi a primeira sede do [[Estado do Brasil]] (Brasil Colônia). Situa-se na entrada da [[Baía de Todos-os-Santos]], uma região bastante acidentada do litoral. A escolha do local teve como objetivo criar uma administração centralizada para o estado colonial português, em um ponto mais ou menos equidistante das extremidades do território e com favoráveis condições de assentamento e defesa; e teve também relação com a economia açucareira, uma vez que a [[Capitania de Pernambuco]] era o principal centro produtivo da colônia.<ref name="Faina">{{citar web|url=https://books.google.com.br/books/about/A_faina_a_festa_e_o_rito.html?hl=pt-BR&id=N-ue_iT-jkQC|título=A Faina, a Festa e o Rito. Uma etnografia histórica sobre as gentes do mar (sécs XVII ao XIX)|página=122|autor=Luiz Geraldo Silva|publicado=Google Books|acessodata=28 de junho de 2016}}</ref><ref name="Pernambuco">[http://wol.jw.org/pt/wol/d/r5/lp-t/102005410 Recife — cidade que surgiu do açúcar]</ref> Salvador permaneceu capital colonial por mais de dois séculos, porém, durante a primeira das [[Invasões holandesas no Brasil]], o então Governador de Pernambuco [[Matias de Albuquerque, Conde de Alegrete|Matias de Albuquerque]] foi nomeado Governador-Geral do Estado do Brasil, administrando a colônia a partir de [[Olinda]] entre [[1624]] e [[1625]].<ref>{{Citar web|url=https://www.ebiografia.com/matias_de_albuquerque/|título=Biografia de Matias de Albuquerque|publicado=eBiografia|acessodata=9-6-2017}}</ref> Em [[1763]], a sede do governo colonial foi transferida de Salvador para o [[Rio de Janeiro (cidade)|Rio de Janeiro]]. Ressalte-se que, com a ascensão de outras regiões econômicas, outros estados coloniais foram criados, como o [[Estado do Maranhão e Piauí]] e o [[Estado do Grão-Pará e Rio Negro]], com capitais respectivamente em [[São Luís (Maranhão)|São Luís]] e [[Belém (Pará)|Belém]]. Desta forma, administrativamente, o território colonial português no atual Brasil dispôs de cinco sedes até 1775: Salvador, Olinda e Rio de Janeiro no [[Estado do Brasil]]; São Luís no Estado do Maranhão e Piauí; e Belém no Estado do Grão-Pará e Rio Negro.{{HarvRef|Vidal|2011|p=}}
<center>'''Evolução territorial do Brasil no período colonial'''</center>
