No dia 15 de novembro de 2017, a Organização do [[Tratado de Interdição Completa de Ensaios Nucleares]] (CTBTO) captou uma anomalia [[hidroacústica]] curta e violenta, semelhante a uma explosão, a cerca de {{converter|30|mn|km|2|o=e,l}} ao norte do último local em que a embarcação fez o último contato. Além disso, o submergível tinha a capacidade de permanecer apenas sete dias submerso.<ref>{{Citar periódico|titulo=Argentina faz megaoperação para resgatar submarino; oxigênio pode estar no fim|url=https://g1.globo.com/mundo/noticia/argentina-faz-megaoperacao-para-resgatar-submarino-oxigenio-pode-estar-no-fim.ghtml|jornal=G1}}</ref>
ANenhum localização dos destroçosvestígio da embarcação aindahavia ésido desconhecida,localizado portantomas, diante de tais condições, já não existemhavia mais expectativas de que algum tripulante do submarino tenhativesse sobrevivido ao seunaufrágio. naufrágioSuspeitava-se que destroços do submarino poderiam estar a uma profundidade aproximada de {{converter|3000|m|ft|2|o=e,l}}.<ref>{{Citar periódico|data=2017-11-24|titulo=Esperanças de haver sobreviventes do submarino se apagam na Argentina|url=https://oglobo.globo.com/mundo/esperancas-de-haver-sobreviventes-do-submarino-se-apagam-na-argentina-22107353|jornal=O Globo}}</ref><ref>{{Citar periódico|titulo=Desaparecimento do San Juan vira polêmica e não há esperança de sobreviventes|url=http://www.tribunadonorte.com.br/noticia/desaparecimento-do-san-juan-vira-pola-mica-e-na-o-ha-esperana-a-de-sobreviventes/397951|jornal=Tribuna do Norte}}</ref>, de acordo com o comunicado oficial do governo argentino, que confirmou a morte dos 44 passageiros no dia 5 de dezembro de 2017.<ref>{{Citar periódico|titulo=ArgentinaSubmarino reconhecesofreu morteexplosão depor todahidrogênio, tripulaçãodiz de submarinoArgentina|url=https://www.terra.com.br/noticias/mundo/americasubmarino-latina/argentinadesaparecido-reconhecesofreu-morteexplosao-por-acumulo-de-todahidrogenio-tripulacaodiz-demarinha-submarinoargentina,5afcb06ffed914bb13852a9476c89a994y9rgngic8147fe3d2a99fb660411af74f6fa797oxzvdn51.html|jornal=Terra|lingua=pt-BR}}</ref> Antes disso, autoridadesAutoridades da Argentina negaram qualquer indício de que a embarcação tenhativesse sofrido algum ataque.<ref>{{Citar periódico|titulo='Não há indício de ataque', diz governo argentino sobre buscas de submarino|url=https://g1.globo.com/mundo/noticia/nao-ha-indicio-de-ataque-diz-governo-argentino-sobre-buscas-de-submarino.ghtml|jornal=G1}}</ref> e em 30 de novembro do mesmo ano a marinha argentina também afirmou formalmente que havia desistido de encontrar o submarino com a tripulação viva. As operações navais passaram a ser apenas para encontrar a embarcação e não seria mais tratada como uma "missão de resgate".<ref>{{citar web|URL=https://oglobo.globo.com/mundo/argentina-desiste-de-tentar-resgatar-com-vida-tripulantes-de-submarino-22134890|título=Argentina desiste de tentar resgatar com vida tripulantes de submarino|publicado=[[O Globo]]|acessodata=30 de novembro de 2017}}</ref>
Suspeita-se que os restos do submarino possam estar a cerca de 3 mil metros de profundidade.<ref>{{Citar periódico|titulo=Submarino sofreu explosão por hidrogênio, diz Argentina|url=https://www.terra.com.br/noticias/mundo/submarino-desaparecido-sofreu-explosao-por-acumulo-de-hidrogenio-diz-marinha-argentina,c8147fe3d2a99fb660411af74f6fa797oxzvdn51.html|jornal=Terra|lingua=pt-BR}}</ref>
